原文:fasta序列操作神器——seqkit

一 序列操作: .取反向序列 seqkit seq test.fa r gt test re.fa .取互補序列 seq test.fa p gt test com.fa .取反向互補序列 seqkit seq test.fa r p gt test re com.fa .DNA序列轉換為RNA序列 seqkit seq test.fa nda rna gt test rna.fa .RNA序列轉 ...

2019-02-23 10:25 0 2994 推薦指數:

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FASTA/Q序列處理神器---seqkit

該軟件對於處理FASTA/Q十分方便,省去自己編寫腳本 安裝 使用 序列操作(seq) Fasta/q之間以及與tab格式互換 序列信息統計 ...

Wed Mar 18 06:21:00 CST 2020 0 1230
seqkit一個FASTA/Q序列處理神器

該軟件功能強大,兼容所有系統。 網站:http://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/ 下載,解壓,安裝seqkit軟件,下載二進制文件較好。 一、序列操作: 1.取反向序列 seqkit seq test.fa -r > ...

Sat Sep 23 04:14:00 CST 2017 0 3465
統計fasta序列條數

1.統計大於號開始的行數或seqkit 工具 Total sequence length 5,759,798,599 Total ungapped length 5,759,798,599 Number of contigs 1,397,492 Contig N50 9,587 Contig ...

Sat Feb 23 05:30:00 CST 2019 0 678
fasta文件中序列的排序

同樣的名為read_1.fa 的fasta文件,里面有若干序列,如: > ...

Thu May 18 06:03:00 CST 2017 0 1322
統計 fasta 文件序列長度及 GC 含量

注:該腳本適用於序列不斷開的情況 可用一下命令將折行的序列合並為一行 運行腳本 升級版,輸入文件是 fasta 格式即可。用 Bio 中的 Seq.IO 解析 fasta 文件, 用 python 的內置函數 count() 的計算速度更快。 ...

Sat Jan 14 11:25:00 CST 2017 0 3357
samtools faidx 命令處理fasta序列

samtools faidx 能夠對fasta 序列建立一個后綴為.fai 的文件,根據這個.fai 文件和原始的fastsa文件, 能夠快速的提取任意區域的序列 用法: samtools faidx input.fa 該命令對輸入的fasta序列有一定要求:對於每條序列,除了最后一行 ...

Fri Feb 19 20:56:00 CST 2016 0 7078
 
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