原文:Trimmomatic過濾Illumina低質量序列

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2019-01-26 23:10 0 1303 推薦指數:

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illumina和sanger測序質量值體系的差異

FASTQ格式的每第四行表示這條序列質量值。用ACSII碼表示。 測序儀一般是按照熒光信號來判斷所測序的鹼基是哪一種的,例如紅黃藍綠分別對應ATCG,因此對每個結果的判斷都是一個概率的問題。 Phred Quality Score Probability of incorrect ...

Thu Jul 02 23:51:00 CST 2020 0 514
如何在Mac上減小PDF大小而不會降低質量呢?

如何在Mac上減小PDF大小而不會降低質量呢?別急,今天小編給大家推薦Cisdem PDF Compressor Mac版PDF壓縮工具減小PDF大小的教程,操作簡單,快來跟小編看看具體做法吧! 1.下載Cisdem PDF Compressor,打開它 2.將 PDF 文件拖放 ...

Sun Aug 15 22:23:00 CST 2021 0 96
Illumina Sequence Identifiers 序列標識符 index詳解

大家基本都知道什么是 FASTA 和 FastQ 格式了,但這是不夠的。 我們還需要了解世界上最大的測序公司自己定制的 FastQ 格式,因為你可能會經常用到,有時還會親自去處理它們。 本文主題:Illumina 測序數據中的 Index Fastq格式詳解 ILLUMINA ...

Fri Feb 17 03:38:00 CST 2017 0 2065
fastx_toolkit去除測序數據中的接頭和低質量的reads

高通量測序數據下機后得到了fastq的raw_data,通常測序公司在將數據返還給客戶之前會做“clean”處理,即得到clean_data。然而,這些clean_data是否真的“clean”呢?首 ...

Fri Dec 09 04:22:00 CST 2016 0 3025
xgene:之illumina,,ion-torrent

illumina技術:   工具:flowcell(流動池):8通道,每個通道都有 2種DNA引物 種在玻璃表面(用共價鍵連到Flowcell上),這引物和文庫中的接頭互補      Flowcell:8個line,,line:上下兩個表面,,面:3個掃描通道swath,,swath ...

Fri Sep 01 20:05:00 CST 2017 0 1654
生信軟件工具-Trimmomatic

Trimmomatic 注意:軟件工具一般會定期進行迭代更新,如果使用出現問題,請查看官方文檔。 可以用來切除illumina測序平台的接頭序列,還可以去除由我們自己指定的特定接頭序列,而且同時也能夠過濾read末尾的低質量序列。具體的原理就是通過滑動一定長度的窗口,計算 ...

Mon Jul 13 17:18:00 CST 2020 0 935
fastjson序列過濾屬性

/* * 第一種:在對象響應字段前加注解 * @JSONField(serialize=false) * private String name; */    /* * 第二種:在對象對應字段前面加transient,表示該字段不用序列 ...

Mon Apr 09 22:51:00 CST 2018 0 2785
 
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