利用plink軟件基於LD信息過濾SNP
最近有需求，對WGS測序獲得SNP信息進行篩減，可問題是測序個體少，call rate，maf，hwe，等條件過濾后，snp數量還是千萬級別，所以后面利用plink工具根據LD信息來濾除大量SNP標記。 工具版本：PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一、格式 ...
原文：plink合並文件並更新SNP位置（merge file, update SNP position）
一 合並文件 plink合並文件需要用到 merge 參數 如果是ped和map格式文件，則用以下命令： plink file data merge data .ped data .map recode out merge 如果是二進制文件和ped,map格式文件，則用以下命令： plink bfile data merge data .ped data .map make bed out mer ...
2019-01-16 11:49 3 1934 推薦指數：
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