ChIP-seq 數據分析1 ChIP-Seq技術2 ChIP-Seq數據分析
1 ChIP-Seq技術 1.1 概念 1.2 ChIP-seq技術原理 2 ChIP-Seq數據分析 2.1 數據下載 2.2 質量控制（data_assess） 2.3 比對到參考基因組 ...
原文：homer進行motif分析 ChIP-seq
http: homer.salk.edu homer 怪毛匠子 整理 使用HOMER分析CLIP SEQ數據 月 程序員 Tags:生物信息學 軟件 HOMER是一個使用perl和C寫成的motif分析工具。之前在分析clip seq分析時，按照文獻中材料和方法所寫的流程進行分析，卻無法得到與文獻一致的結果。想來多半是文章發表時，並沒有把所有的細節寫清楚，導致我在重復時參數選擇方面並沒有與原作者保 ...
2018-12-26 21:00 0 2710 推薦指數：
相關推薦
ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 數據分析流程
，但我們可以借鑒Dockerfile文件里面的安裝方法。 也可以模仿chip-seq-pipeline2 ...
motif分析軟件-----Homer的安裝
1.下載相關程序： 網址：http://homer.ucsd.edu/homer/download.html 下載其中名為configureHomer.pl的文件。 2.新建文件夾：homer mkdir homer 3.將剛下載的pl文件移至Homer文件夾中： mv ...
ChIP-seq流程結果文件解讀
接前面文章：ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 數據分析流程 前面已經把pipeline跑完了，但是關於結果的解讀還是不清楚，這里來深入探討一下。 復習： pipeline：https://github.com/ENCODE-DCC ...
ChIP-seq技術介紹｜易基因
大家好，這里是專注表觀組學十余年，多組學科研服務領跑者的易基因。 染色質免疫沉淀后測序(ChIP seq)是一種針對DNA結合蛋白、組蛋白修飾或核小體的全基因組分析技術。由於二代測序技術的巨大進步，ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪聲和更大的覆蓋范圍 ...
chip-seq數據分析中peak-calling軟件-------MACS的安裝
MACS軟件包 cd MACS 5.利用超級權限進行安裝（這樣做的話，好像不用自己再添加環境變量） ...
HOMER | MEME | 轉錄因子的靶基因預測 | motif富集分析
轉錄因子motif是一些很短的模序（~10bp），在大基因組里很容易出現隨機比對，而且是以position weight matrix (PWM)格式來呈現，說明它的可變性，因此研究motif有哪些binding區域是沒有意義的，因為很難找到一個方法（閾值）來判斷真正的比對和隨機的比對 ...
表觀遺傳、開放染色質測序、ATAC-seq、ChIP-seq簡介
表觀遺傳 表觀遺傳的3個機制：DNA甲基化；組蛋白修飾；chromatin remodeling 開放染色質測序： 參考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/ ...