使用clusterProfiler進行GO富集分析原創weixin_43569478 最后發布於2018-11-05 10:06:43 閱讀數 12741 收藏展開歡迎關注微信公眾號《生信修煉手冊》! clusterProfiler是一個功能強大的R包,同時支持GO和KEGG的富集分析 ...
我們的雲平台上的GO富集分析工具,需要輸入的文件表格和參數很簡單,但很多同學都不明白其中的原理與結果解讀,這個帖子就跟大家詳細解釋 一 GO富集介紹: Gene Ontology 簡稱GO 是一個國際標准化的基因功能分類體系,提供了一套動態更新的標准詞匯表 controlled vocabulary 來全面描述生物體中基因和基因產物的屬性。GO總共有三個ontology 本體 ,分別描述基因的分子 ...
2018-12-15 11:16 0 4428 推薦指數:
使用clusterProfiler進行GO富集分析原創weixin_43569478 最后發布於2018-11-05 10:06:43 閱讀數 12741 收藏展開歡迎關注微信公眾號《生信修煉手冊》! clusterProfiler是一個功能強大的R包,同時支持GO和KEGG的富集分析 ...
GO的主要用途之一是對基因組進行富集分析。例如,給定一組在特定條件下上調的基因,富集分析將使用該基因組的注釋發現哪些GO術語被過度表示(或未充分表示)。 富集分析工具 用戶可以直接從GOC網站的主頁進行濃縮分析。此服務連接到PANTHER分類系統 ...
柱狀圖 讀取數據 轉換term為因子 設置柱子顏色 繪圖(柱狀圖) 繪圖(氣泡圖) ...
基因富集分析是分析基因表達信息的一種方法,富集是指將基因按照先驗知識,也就是基因組注釋信息進行分類。 信號通路是指能將細胞外的分子信號經細胞膜傳入細胞內發揮效應的一系列酶促反應通路。這些細胞外的分子信號(稱為配體,ligand)包括激素、生長因子、細胞因子、神經遞質以及其它小分子 ...
何為功能富集分析? 功能富集分析是將基因或者蛋白列表分成多個部分,即將一堆基因進行分類,而這里的分類標准往往是按照基因的功能來限定的。換句話說,就是把一個基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,並和生物學表型關聯起來。 何為GO和KEGG? 為了解決將基因按照功能進行分類的問題,科學家們開發 ...
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的簡稱,是生物學家為了衡量基因的功能而而發起的一個項目,從分子功能(molecular function)、生物學過程(biological process ...
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KOBAS的介紹 KOBAS是北大生物信息中心研發的一個網頁工具,用來基因/蛋白功能注釋(注釋模塊)和功能基因集富集(富集模塊)。以下是KOBAS的英文介紹: KOBAS 3.0 is a web server for gene/protein functional annotation ...