原文:動態編程和基因序列比對(相似度)

基因組數據庫保存了海量的原始數據。人類基因本身就有接近 億個 DNA 鹼基對。為了查遍所有數據並找到其中有意義的關系,分子生物學家們越來越依賴於高效的計算機科學字符串算法。本文將介紹三個這方面的算法,它們都利用 動態編程技術,這是解決最優化問題的一種高級的算法技術,它從下向上尋找子問題的最優解。本文將使用這些算法的 Java 實現,還將學習一個用於處理生物學數據的開源的 Java 框架。 基因和字 ...

2018-11-29 14:06 0 1105 推薦指數:

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mVISTA 多序列比對葉綠體基因

mVISTA可對2個或者多個DNA序列進行比較,可以對比對結果進行可視化。 詳情請大力戳這里 0 輸入文件說明 mVISTA 需要輸入的文件有如下幾類 必須文件 郵箱 fasta格式序列文件(或者GENBANK identifier) 上傳文件不得> 10 Mb ...

Tue Jan 26 17:41:00 CST 2021 0 752
時間序列相似分析算法

時間序列相似性分析的理論和原理: 可按照以下幾篇博客進行學習和查看分析即可 https://www.jianshu.com/p/e8e02cdc43d5?from=groupmessage https://zhuanlan.zhihu.com/p/39450321 https ...

Sun Jul 19 03:37:00 CST 2020 0 2390
序列比對

文章轉載於 Original 2017-07-11 liuhui 生信百科 多序列比對(或多序列聯配,multiple sequence alignment,MSA),是指把多條(3 條或以上)有系統進化關系的蛋白質或核酸序列進行比對,盡可能地把相同的鹼基或氨基酸殘基排在同一 ...

Sun Jul 16 05:43:00 CST 2017 0 1903
python3 自己寫的一個小算法(比對中文文本相似

函數使用說明: 函數的三個參數分別是“匹配語句”,“匹配語料”,“相關”; 匹配語句,和匹配預料中的語句匹配的語句,必須為字符串; 匹配語料,被匹配語句來匹配的語句列表,必須為列表; 相關,函數只會輸出匹配預料中匹配大於相關的的語句; 函數返回類型為列表 ...

Fri Nov 08 00:07:00 CST 2019 2 625
轉【算法之動態規划(三)】動態規划算法之:最長公共子序列 & 最長公共子串(LCS)&字符串相似算法

1、先科普下最長公共子序列 & 最長公共子串的區別: 找兩個字符串的最長公共子串,這個子串要求在原字符串中是連續的。而最長公共子序列則並不要求連續。 2、最長公共子串 其實這是一個序貫決策問題,可以用動態規划來求解。我們采用一個二維矩陣來記錄中間的結果。這個二維矩陣 ...

Wed Apr 19 21:38:00 CST 2017 0 8653
數學之美:判斷兩個隨機信號序列相似

[導讀] 在工程應用時,有時候需要計算兩個信號序列相似,實際信號由於在采集過程中會混入干擾,如果簡單的依次比較各樣本是否相等或者差值,則很難判定兩個信號序列相似程度。本文來聊聊我的一些思路。 什么是互相關函數? 在統計學中,相關是描述兩個隨機變量序列或二元數據之間的統計關系 ...

Sat Aug 01 16:22:00 CST 2020 0 1244
Mega-序列比對

Aligning Sequences In this tutorial, we will show how to create a multiple sequence alignm ...

Thu Mar 05 21:09:00 CST 2020 0 2365
 
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