HISAT2+StringTie+Ballgown安裝及使用流程 2015年Nature Methods上面發表了一款快速比對工具hisat,作為接替tophat和bowtie的比對工具,它具有更快的比對速度和更高的比對率,最近把這個流程走完一遍,感覺優勢還是很明顯的。 一、HISAT ...
轉錄組分析 Hisat StringTie Ballgown使用 : : 轉載 標簽: 生物信息學 轉錄組 .Hisat 建立基因組索引: First, using the python scripts included in the HISAT package, extract splice site and exon information from the gene annotation ...
2018-11-09 22:48 0 1987 推薦指數:
HISAT2+StringTie+Ballgown安裝及使用流程 2015年Nature Methods上面發表了一款快速比對工具hisat,作為接替tophat和bowtie的比對工具,它具有更快的比對速度和更高的比對率,最近把這個流程走完一遍,感覺優勢還是很明顯的。 一、HISAT ...
HISAT2,StringTie,Ballgown處理轉錄組數據 本文總閱讀量次2017-05-26 HISAT2,StringTie,Ballgown處理轉錄組數據思路如下: 數據質控 將RNA-seq的測序reads使用hisat2比對 samtools ...
轉載於:https://www.ivistang.com/articles/312 准備軟件和數據 安裝miniconda wget -c https://repo.ana ...
Ballgown是分析轉錄組差異表達的R包。 軟件安裝: 運行R, source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) biocLite(“ballgown”) R會自動安裝Ballgown,及相應的依賴包。 Ballgown的輸入文件 ...
轉錄組分析的正確姿勢 轉錄組分析是目前應用最廣的高通量測序分析技術之一。常見設計是不同樣品之間比較,尋找差異基因、標志基因、協同變化基因、差異剪接和新轉錄本,並進行結果可視化、功能注釋和網絡分析等。 轉錄組的測序分析也相對成熟,從RNA提取、構建文庫、上機測序再到結果解析既可以自己完成 ...
轉載來自https://zhuanlan.zhihu.com/p/393674599 寫的非常好 怕找不到留着自己看!如果作者不同意我會刪除。 前言 接下來我們要介紹的是 RNA-seq 數據的處理分析流程,根據 RNA-seq 測序技術的不同,可以分為三種: Stark et al. ...
Reference : https://cloud.tencent.com/developer/article/1703051 https://blog.csdn.net/weixin_44452 ...
轉錄本組裝軟件StringTie的使用說明 StringTie 轉錄本組裝軟件StringTie的使用說明 轉錄組分析流程 HISTA + StringTie 組合。其Protocol 發表在Nature Protocol ...