使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq數據分析易如反掌
Contents 1 摘要 2 背景介紹 3 初始配置 4 數據整合 4.1 讀入計數數據 4.2 組織樣品信息 4.3 組織基因注釋 5 數據預處理 5.1 原始數據尺度轉換 ...
原文：使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq數據分析易如反掌
使用limma Glimma和edgeR，RNA seq數據分析易如反掌 Charity Law , Monther Alhamdoosh , Shian Su , Xueyi Dong , Luyi Tian , Gordon K. Smyth and Matthew E. Ritchie The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Resea ...
2018-11-09 20:36 0 5563 推薦指數：
相關推薦
A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq數據分析指南
A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq數據分析指南 內容 前言 各位同學/老師，大家好，現在由我給大家講講我的文獻閱讀報告！ A survey of best practices ...
ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 數據分析流程
補充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程，雖然可以完成任務，但是數據量一多，批次多起來，就非常難管理。 既然別人提供了這么好的流程，那就要用起來，管理起來不是一般的輕松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安裝比較麻煩，沒有針對local的一鍵安裝 ...
Seq數據分析流程RNA
文章目錄 RNA-seq 數據分析流程 相關軟件安裝 下載數據 sra轉fastq格式 數據質控 數據質控，過濾低質量reads，去接頭 比對 ...
RNA-seq 數據的簡單分析
主要介紹如何分析RNA-seq 數據 參考文檔 Wikipedia-RNA-seq paper: RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics TopHat Cufflinks CummeRbund TopHat ...
RNA-seq表達數據之樣本PCA分析
Principal component analysis (PCA) 分析 主成分分析(PCA)幫助我們歸納總結和可視化數據集中的信息，這些數據包含由多個相互關聯的變量描述的個體 / 觀察主成分分析。 可以將每個變量視為不同的維度。 但如果您的數據集中有3個以上的變量，那么很難在多維超空間可視化 ...
RNA-seq分析htseq-count的使用
HTSeq作為一款可以處理高通量數據的python包，由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人攜手推出HTSeq — A Python framework to work with high-throughput sequencing ...
RNA-seq(9):功能富集分析
這部分開始進行基本的富集分析，兩類 A：差異基因富集分析（不需要表達值，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不管有無差異，需要全部genes表達值 ...