原文:差異表達分析之FDR

差異表達分析之FDR 隨着測序成本的不斷降低,轉錄組測序分析已逐漸成為一種很常用的分析手段。但對於轉錄組分析當中的一些概念,很多人還不是很清楚。今天,小編就來談談在轉錄組分析中,經常會遇到的一個概念FDR,那什么是FDR 為什么要用FDR呢 一起來學習吧 什么是FDR FDR false discovery rate ,中文一般譯作錯誤發現率。在轉錄組分析中,主要用在差異表達基因的分析中,控制最終 ...

2018-11-06 22:42 0 1757 推薦指數:

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用“limma”進行差異表達分析

1.概述 矩陣 函數 表達矩陣 lmFit 分組矩陣 eBayes 差異比較矩陣 topTable 2.讀取表達矩陣: 得到表達 ...

Mon Mar 09 22:45:00 CST 2020 0 697
轉錄組差異表達分析小實戰(二)

轉錄組差異表達分析小實戰(二) Posted: 八月 14, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 差異基因表達分析 我按照前面的流程轉錄組差異表達分析小實戰(一),將小鼠的4個樣本又重新跑了一遍,從而獲得一個新 ...

Sat Nov 10 05:35:00 CST 2018 0 2917
轉錄組差異表達分析工具Ballgown

Ballgown是分析轉錄組差異表達的R包。 軟件安裝: 運行R, source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) biocLite(“ballgown”) R會自動安裝Ballgown,及相應的依賴包。 Ballgown的輸入文件 ...

Wed Dec 13 20:37:00 CST 2017 0 3077
轉錄組差異表達分析小實戰(一)

轉錄組差異表達分析小實戰(一) Posted: 七月 28, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 讀文獻獲取數據 文獻名稱:AKAP95 regulates splicing through ...

Sat Nov 10 05:35:00 CST 2018 0 708
單細胞分析實錄(7): 差異表達分析/細胞類型注釋

前面已經講解了: 單細胞分析實錄(1): 認識Cell Hashing 單細胞分析實錄(2): 使用Cell Ranger得到表達矩陣 單細胞分析實錄(3): Cell Hashing數據拆分 單細胞分析實錄(4): doublet檢測 單細胞分析實錄(5): Seurat標准流程 單細胞 ...

Fri Jan 08 02:43:00 CST 2021 3 3438
使用Trinity拼接以及分析差異表達一個小例子

使用Trinity拼接以及分析差異表達一個小例子 2017-06-12 09:42:47 293 0 0 Trinity 將測序數據分為許多獨立的de Brujin graph,理論上每一個圖對應一個表達的基因。 整個流程分為三個步驟 ...

Sat Nov 10 06:21:00 CST 2018 0 1899
 
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