一直都搞不清楚這兩者的具體區別。 其實初學者搞不清楚很正常,因為它們的本質是相通的,都是對基因進行歸類注釋的數據庫。 建議初學者自己使用一下這兩個數據庫,應該很快就能明白其中的區別。 以下以一個案例來詳細說明兩者的區別: 推薦一個沒有任何基礎的人都能使用的gene set注釋工具 ...
前言 本文主要演示GEO數據庫的一些工具,使用的數據是 年在Nature Communications上發表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle atrophy. pubmed: 作者通過將FoxO floxed ...
2018-12-10 01:10 0 10751 推薦指數:
一直都搞不清楚這兩者的具體區別。 其實初學者搞不清楚很正常,因為它們的本質是相通的,都是對基因進行歸類注釋的數據庫。 建議初學者自己使用一下這兩個數據庫,應該很快就能明白其中的區別。 以下以一個案例來詳細說明兩者的區別: 推薦一個沒有任何基礎的人都能使用的gene set注釋工具 ...
KOBAS的介紹 KOBAS是北大生物信息中心研發的一個網頁工具,用來基因/蛋白功能注釋(注釋模塊)和功能基因集富集(富集模塊)。以下是KOBAS的英文介紹: KOBAS 3.0 is a web server for gene/protein functional annotation ...
接前一篇: 用R和BioConductor進行基因芯片數據分析(五):芯片間歸一化 經過一系列的預處理,包括缺失值填充,中位數計算以及歸一化,我們的數據終於可以用啦。 下面我們就來分析一下new population和old population的個體是否有差異表達基因。 判斷一個基因是否 ...
Gene Expression Omnibus(GEO)是一個公共存儲庫,可以存檔和自由分發由科學界提交的全套微陣列,新一代測序和其他形式的高通量功能基因組數據。 除數據存儲外,還提供一系列基於Web的界面和應用程序,以幫助用戶查詢和下載存儲在GEO中的研究和基因表達模式。 GEO的數據儲存 ...
參考:KEGG數據庫中文教程 - 博奧 &【學習筆記】KEGG數據庫 - 微信 學習一個技能最主要的事情你必須知道,那就是能通過它來做什么? KEGG數據庫里面有什么? 如何查詢某一特定的代謝途徑(pathway)的信息,例如Glycolysis ...
1、KEGG簡介 KEGG 數據庫於 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前發展為一個綜合性數據庫,其中最核心的為 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 數據庫。在 KEGG ORTHOLOGY 數據庫中,將行使相同功能 ...
本文轉自Y叔公眾號 自己KEGG數據庫好處: 可重復性好 沒網也可以進行分析 步驟 1 在KEGG官網找到自己物種的3字符縮寫 2 加載Y叔獲取kegg.db 的R包 3 下載所需要物種的KEGG.db 4 測試本地的包 ...
隨着人類基因組計划(Human Genome Project)即全部核苷酸測序的即將完成,人類基因組研究的重心逐漸進入后基因組時代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多樣性傾斜。通過對個體在不同生長發育階段或不同生理狀態下大量基因表達的平行分析,研究相應基因在生物體內的功能,闡明 ...