原文:使用GEO數據庫來篩選差異表達基因,KOBAS進行KEGG注釋分析

前言 本文主要演示GEO數據庫的一些工具,使用的數據是 年在Nature Communications上發表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle atrophy. pubmed: 作者通過將FoxO floxed ...

2018-12-10 01:10 0 10751 推薦指數:

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GO 和 KEGG 的區別 | GO KEGG數據庫用法 | 基因集功能注釋 | 代謝通路富集

一直都搞不清楚這兩者的具體區別。 其實初學者搞不清楚很正常,因為它們的本質是相通的,都是對基因進行歸類注釋數據庫。 建議初學者自己使用一下這兩個數據庫,應該很快就能明白其中的區別。 以下以一個案例來詳細說明兩者的區別: 推薦一個沒有任何基礎的人都能使用的gene set注釋工具 ...

Thu Jan 19 01:37:00 CST 2017 0 41736
網頁工具KOBAS進行KEGG富集分析

KOBAS的介紹 KOBAS是北大生物信息中心研發的一個網頁工具,用來基因/蛋白功能注釋(注釋模塊)和功能基因集富集(富集模塊)。以下是KOBAS的英文介紹: KOBAS 3.0 is a web server for gene/protein functional annotation ...

Sat Jan 04 21:32:00 CST 2020 0 5837
用R和BioConductor進行基因芯片數據分析(六):差異表達基因

接前一篇: 用R和BioConductor進行基因芯片數據分析(五):芯片間歸一化 經過一系列的預處理,包括缺失值填充,中位數計算以及歸一化,我們的數據終於可以用啦。 下面我們就來分析一下new population和old population的個體是否有差異表達基因。 判斷一個基因是否 ...

Thu Dec 06 01:25:00 CST 2012 0 7165
GEO(Gene Expression Omnibus):高通量基因表達數據庫

  Gene Expression Omnibus(GEO)是一個公共存儲,可以存檔和自由分發由科學界提交的全套微陣列,新一代測序和其他形式的高通量功能基因數據。 除數據存儲外,還提供一系列基於Web的界面和應用程序,以幫助用戶查詢和下載存儲在GEO中的研究和基因表達模式。 GEO數據儲存 ...

Sat Sep 22 06:02:00 CST 2018 0 7419
KEGG數據庫

參考:KEGG數據庫中文教程 - 博奧 &【學習筆記】KEGG數據庫 - 微信 學習一個技能最主要的事情你必須知道,那就是能通過它來做什么? KEGG數據庫里面有什么? 如何查詢某一特定的代謝途徑(pathway)的信息,例如Glycolysis ...

Mon Dec 26 19:08:00 CST 2016 0 4000
KEGG數據庫介紹

1、KEGG簡介 KEGG 數據庫於 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前發展為一個綜合性數據庫,其中最核心的為 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 數據庫。在 KEGG ORTHOLOGY 數據庫中,將行使相同功能 ...

Wed Sep 12 19:13:00 CST 2018 0 2257
如何構建自己的KEGG數據庫

本文轉自Y叔公眾號 自己KEGG數據庫好處: 可重復性好 沒網也可以進行分析 步驟 1 在KEGG官網找到自己物種的3字符縮寫 2 加載Y叔獲取kegg.db 的R包 3 下載所需要物種的KEGG.db 4 測試本地的包 ...

Sat Dec 28 00:19:00 CST 2019 0 1146
(轉)基因芯片數據GO和KEGG功能分析

隨着人類基因組計划(Human Genome Project)即全部核苷酸測序的即將完成,人類基因組研究的重心逐漸進入后基因組時代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多樣性傾斜。通過對個體在不同生長發育階段或不同生理狀態下大量基因表達的平行分析,研究相應基因在生物體內的功能,闡明 ...

Fri Jan 08 18:40:00 CST 2016 0 4069
 
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