http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的簡稱,是生物學家為了衡量基因的功能而而發起的一個項目,從分子功能(molecular function)、生物學過程(biological process ...
安裝bioconductor及go分析涉及的相關包 source http: bioconductor.org biocLite.R options BioC mirror http: mirrors.ustc.edu.cn bioc biocLite DO.db , type source biocLite BiocUpgrade biocLite clusterProfiler biocLi ...
2018-10-25 11:49 0 2472 推薦指數:
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的簡稱,是生物學家為了衡量基因的功能而而發起的一個項目,從分子功能(molecular function)、生物學過程(biological process ...
。 BioConductor是建立在R語言環境上的生物芯片數據和基因組數據分析軟件包,主頁是 http://www.bi ...
接前一篇: 用R和BioConductor進行基因芯片數據分析(五):芯片間歸一化 經過一系列的預處理,包括缺失值填充,中位數計算以及歸一化,我們的數據終於可以用啦。 下面我們就來分析一下new population和old population的個體是否有差異表達基因。 判斷一個基因是否 ...
接前一篇: 用R和BioConductor進行基因芯片數據分析(三):計算median 歸一化是從normalization翻譯過來的。歸一化的目的是使各次/組測量或各種實驗條件下的測量可以相互比較,消除測量間的非實驗差異。非實驗差異可能來源於樣品制備,點樣,雜交過程,雜交信號處理等。 歸一化 ...
以下分析用到的數據可以在這里(http://dl.getdropbox.com/u/308058/blog/raw_data_3_replicates.txt )下載,這個數據來自關於基因對蝴蝶遷移性的研究,樣本是20個蝴蝶個體,其中10個是當地固有個體(old),另外10個是新遷入的個體(new ...
接前一篇: http://www.cnblogs.com/emanlee/archive/2012/12/05/2803144.html 我們已經知道要分析的數據對每個基因有3個重復測定值,經過缺失值填充后,每個基因都有3個可用值。 這一步很簡單,就是取這3個值的中位數,即median ...
接前一篇:用R和BioConductor進行基因芯片數據分析(四):芯片內歸一化 上次進行了芯片內的歸一化,但是我們的數據來自於10張芯片,為了讓這10張芯片之間有可比性,需要進行芯片間歸一化。 具體原理就不介紹了。 這里用到Bioconductor的一個package,叫做limma ...
前言 關於clusterProfiler這個R包就不介紹了,網紅教授宣傳得很成功,功能也比較強大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可視化。簡單總結下用法,以后用時可直接找來用。 首先考慮一個問題:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注釋信息來自哪里? GO的注釋信息 ...