原文:ngs中reads mapping-pku的生信課程

.NGS中的reads mapping 顧名思義,就是將測序的得到的DNA定位在基因組上。 因為二代測序的得到的序列是較短的,reads mapping很好地解決了這個問題。 本質上reads mapping是一個雙序列比對問題,但和之前講的NW和SW的不一樣,后者適用於兩者長度相差不大的。 現在問題有幾個特征: .reads和ref的長度有着跨數量級的差異,reads長度通常不超過 bp,而r ...

2018-10-20 11:13 0 1045 推薦指數:

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基礎概念之unique reads VS multi-mapping reads

unique reads:在參考組上只有一個匹配點 multi-mapping reads:在參考組上有多個匹配點 下面是tophat的一個結果案例: the quantity of unique reads :25159791-1027691= the quantity ...

Sat Jul 01 23:54:00 CST 2017 0 2245
[自學] MIT的EECS本科+研究課程【持續更新-2020.06.02】

前言   我的本科是讀的電子信息工程,研究跟着老師做項目,參與到深度學習來,畢業后做了算法工程師,工作之后愈發發現,不論從事什么崗位,基礎都很重要,但現在也沒有時間再讀一遍本科了,自學的話也不知道從何學起,就產生我為什么不試着自學大學里面CS專業課程的念頭。我自認為自己算是孜孜不倦的,用學習 ...

Fri Apr 10 18:51:00 CST 2020 3 1136
ElasticSearch Mapping

公號:碼農充電站pro 主頁:https://codeshellme.github.io 1,ES Mapping ES Mapping 相當於傳統數據庫的表定義,它有以下作用: 定義索引的字段的名字。 定義索引的字段的類型,比如字符串,數字 ...

Thu Feb 25 18:12:00 CST 2021 0 1178
elasticsearchmapping簡介

默認mapping ES能非常聰明的識別出"name"和"description"字段的類型是string, ES默認會創建以下的mappingmapping參數 字段的type(es數據類型) ...

Tue Feb 25 06:34:00 CST 2020 0 1882
ElasticsearchMapping

映射(Mapping) 概念:創建索引時,可以預先定義字段的類型以及相關屬性。從而使得索引建立得更加細致和完善。如果不預先設置映射,會自動識別輸入的字段類型。 官方文檔(字段數據類型):https://www.elastic.co/guide/en/elasticsearch ...

Tue Nov 21 22:21:00 CST 2017 0 1470
esmapping的理解

(1)往es里面直接插入數據,es會自動建立索引,同時建立type以及對應的mapping (2)mapping中就自動定義了每個field的數據類型 (3)不同的數據類型(比如說text和date),可能有的是exact value,有的是full text (4)exact value ...

Thu Mar 08 05:31:00 CST 2018 0 2779
高通量測序reads、contig、scaffold什么意思?

高通量測序數據分析: 高通量測序,reads、contigs、scaffold、unigene、singleton各是什么,有什么關系? 1. 什么是read? 高通量測序時,在芯片上的每個反應,會讀出一條序列,是比較短的,叫read,它們是讀序;就是我們測序產生的短讀序列,通常一代和三代 ...

Sun Oct 11 05:24:00 CST 2020 0 2768
常用分析軟件

官網 源碼 安裝&使用 BWA http://bio-bwa.sourceforge.net/ ht ...

Sat Nov 03 06:05:00 CST 2018 0 906
 
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