原文:參考基因組及注釋文件下載

從三大核酸數據庫NCBI Ensembl UCSC下載參考序列及注釋文件 .人類基因組版本對應關系 NCBI Ensembl UCSC GRCh release hg GRCh release hg GRCh release hg .NCBI 人類基因組 GRCh 下載 默認 : ftp: ftp.ncbi.nih.gov genomes H sapiens GRCh 下載: ftp: ftp.n ...

2018-09-20 16:44 0 11029 推薦指數:

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【轉錄入門】4:參考基因組注釋文件

作業要求: 在UCSC下載hg19參考基因組,我博客有詳細說明,從gencode數據庫下載基因注釋文件,並且用IGV去查看你感興趣的基因的結構,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 作業,截圖幾個基因的IGV可視化結構!還可以下載ENSEMBL,NCBI的gtf,也導入IGV看看,截圖基因結構 ...

Sun Jul 01 05:27:00 CST 2018 0 9768
用哪個版本的基因組注釋文件好?| 親測

What Ensembl genome version should I use for alignments? (e.g. toplevel.fa vs. primary_assembly.fa) 這是一個很細節也很實際的問題,到底用哪個版本? 參考: What Ensembl ...

Mon Mar 26 03:40:00 CST 2018 0 2477
關於基因組注釋文件GTF的解釋

  GTF文件的全稱是gene transfer format,主要是對染色體上的基因進行標注。怎么理解呢,其實所謂的基因名,基因座等,都只是后來人們給一段DNA序列起的名字而已,還原到細胞中就是細胞核里面的一條長長的染色體(DNA序列)。而這個GTF文件的主要功能,就是指出我們所謂的基因在染色體 ...

Tue Jun 06 18:44:00 CST 2017 0 10629
轉錄入門(4):了解參考基因組基因注釋

任務列表 1.在UCSC下載hg19參考基因組; 2.從gencode數據庫下載基因注釋文件,並且用IGV去查看感興趣的基因的結構,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 3.截圖幾個基因的IGV可視化結構 4.下載ENSEMBL,NCBI的gtf,也導入IGV看看,截圖 ...

Fri Aug 11 09:00:00 CST 2017 0 6094
基因組注釋

基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
參考基因組

參考基因組版本命名參考基因組聯盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等機構組成。GRC 利用最佳的技術裝配,糾正,增加基因組序列,以此作為在生信分析領域作為參考基因組。人基因組官名叫 GRCh38 (Genome ...

Sat Jun 12 20:52:00 CST 2021 0 1267
 
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