原文:GSEA-基因集富集分析

.為什么寫 網上教程一抓一大把,有的能重復,有的不能重復不了,很多原因。別人能做的不代表你能復制,實踐出真知。 不做搬運工,只寫有用的,防止以后忘記。每個人理解不同,記錄下來,供自己今后參考,順便分享他人。 .GSEA基本概念 Gene Set Enrichment Analysis 思路: 使用預定義的基因集 通常來自功能注釋或先前實驗的結果 ,將基因按照在兩類樣本中的差異表達程度排序,然后檢 ...

2018-08-29 17:40 0 19018 推薦指數:

查看詳情

基因探針富集分析GSEA)& GO & pathway

http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的簡稱,是生物學家為了衡量基因的功能而而發起的一個項目,從分子功能(molecular function)、生物學過程(biological process ...

Thu Aug 07 01:18:00 CST 2014 0 4301
基因或蛋白富集分析gsea與ssgsea

大家應該對通路富集分析都很熟悉,如DAVID、超幾何富集分析等。都是在大量文章中常見的通路富集方法,給大家介紹一個更加復雜的通路富集分析的前期數據處理包GSVA(gene set variation analysis)與gsea選擇。GSVA是一種非參數的無監督分析方法,主要用來評估芯片核轉錄組 ...

Sun Jul 05 20:40:00 CST 2020 0 4712
GSEA富集分析 - 界面操作》

生信寶典之前總結了一篇關於GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》,介紹了GSEA的定義、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等,不太了解的朋友可以點擊閱讀先理解下概念 (下面摘錄一部分)。 GSEA案例解析介紹GSEA分析之前,我們先看一篇Cell文章 ...

Fri Sep 17 06:38:00 CST 2021 0 168
[GSEAPY] 在Python里進行基因富集分析

前言 在生物信息學數據分析中,許多分析軟件都是基於R開發的。這里介紹一個可以在Python 中進行基因富集分析的Python 軟件 GSEAPY (Gene Set Enrichment Analysis in Python) GSEApy is a python wrapper ...

Tue Dec 28 02:21:00 CST 2021 0 2524
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM