原文:samtools 使用簡述

功能如下: View 主要功能講sam文件轉位bam文件。 涉及的參數: b 輸出bam格式。。默認是sam文件 h 輸出的sam文件帶header。。默認不帶 H 僅僅輸出header S 輸入sam文件。。默認bam文件 u 輸出bam文件不進行壓縮。。必須有 b參數 c 輸出比對上的數 f 輸出含有所有flag都reads F 輸出沒有flag的reads。。數字 代表改reads沒有比對上 ...

2018-08-02 21:59 0 2743 推薦指數:

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samtools使用

/Tutorial 安裝 由於 samtools 與 htslib , bcftools 經常結合使用,因此, ...

Wed Sep 23 09:43:00 CST 2015 0 2096
samtools 安裝使用

官網: https://github.com/samtools/samtools https://github.com/samtools/samtools/releases https://github.com/samtools/samtools/blob/develop/INSTALL ...

Sun Aug 30 05:10:00 CST 2020 0 1779
samtools和bcftools使用說明

轉自:http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4316581.html samtools是一個用於操作sam和bam文件的工具合集。包含有許多命令。以下是常用命令的介紹 1. view view命令的主要功能是:將sam文件轉換成bam文件;然后對bam文件進行 ...

Tue May 16 02:31:00 CST 2017 0 5153
linux下bwa和samtools的安裝與使用

bwa的安裝流程安裝本軟體總共需要完成以下兩個軟體的安裝工作:1) BWA2) Samtools1.BWA的安裝a.下載BWA (download from BWA Source Forge ) http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlb.安裝BWA ...

Fri Mar 06 03:06:00 CST 2015 0 12620
SAMTOOLS使用 SAM BAM文件處理

【怪毛匠子 整理】 samtools學習及使用范例,以及官方文檔詳解 #第一步:把sam文件轉換成bam文件,我們得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM ...

Thu Dec 27 17:35:00 CST 2018 0 6697
SAM格式 及 比對工具之 samtools 使用方法

參考資料: SAMtools(官網) SAM Spec v1.4 (SAM格式 說明書) (重要) samtools-1.3.1 使用手冊 (SAMtools軟件說明書) samtools常用命令詳解(博客園) SAM格式定義(博耘生物) samtools使用 ...

Tue Jun 21 21:47:00 CST 2016 0 6887
簡述RadioGroup和RadioButton的使用

簡述RadioGroup和RadioButton的使用 在項目中有身份選擇的選項,需要用到RadioGroup和RadioButton,這里做個記錄,和大家交流一下。 話不多說,一起看代碼 XML代碼 這里使用了layout_gravity ...

Tue Jun 11 19:51:00 CST 2019 0 5199
Shodan使用簡述

申明 本文只做相關介紹,使用者應當嚴格自律,承諾遵守法律法規 Shodan,一款互聯網下的可怕搜索引擎。它的可怕之處在於Shodan可以搜索各種在線的網絡設備。比如:攝像頭、路由器、打印機、服務器等等。與Google不同的是,Shodan不是通過網站進行搜索,而是搜索互聯網背后的信息 ...

Thu Apr 30 19:06:00 CST 2020 4 1105
 
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