1) 安裝 bedtools 提供了3種安裝方式 從google code 下載源代碼進行安裝 利用系統中的包管理工具進行安裝， 比如cnetos 下的yum, ubuntu下的apt-get, mac 下的homebrew 從github下載源代碼，進行安裝 由於訪問 ...

1、bcftools提取指定區段的vcf文件 下載安裝bcftools 見如下命令： bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 　　注意：輸入 ...

I have a Python, I have a BEDTools. Ah,pybedtools! 前言 pybedtools 是采用 Python 對BEDTools 軟件的封裝和擴展。為啥要用pybedtools ，而不是直接使用BEDTools 呢？ 當然是我們想在 ...

1、下載安裝bcftools。 2、准備樣本ID文件，這里命名為samplelistname.txt，一個樣本一行，如下所示： sample1 sample2 sample3 3、輸入命令： ...

原文：https://cloud.tencent.com/developer/article/1078324 前言： bedtools等工具號稱是可以代替普通的生物信息學數據處理工程師的！我這里用一個專題來講解它的用法，其實它能實現的需求，我們寫腳本都是可以做的，而且我強烈建議正在學編程 ...

簡單說明： 從2.28.0版開始，bedtools使用htslib庫支持CRAM格式 除了BAM文件，bedtools默認所有的輸入文件都以TAB鍵分割 除非使用-sorted選項，bedtools默認不支持大於512M的染色體 如果沒有使用-sorted參數對染色體按編碼順序 ...

我們生信技能書有一篇介紹bedtools的文章，可以在微信里搜着看下，非常有用。 bedtools 用法大全 http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf轉bed用Linux命令完全可以實現，因為gtf每一行比較規律，不像fasta和fastq ...

1、問題安裝bedtools 執行make命令是報錯fatal error: lzma.h: No such file or directory 2、解決方法 3、再次執行make驗證， 已經沒有fatal ...