gff/gtf格式
1）gff3及gtf2簡介 一個物種的基因組測序完成后，需要對這些數據進行解讀，首先要先找到這些序列中轉錄起始位點、基因、外顯子、內含子等組成元件在染色體中的位置信息(即注釋)后才能再進行深入的分析。gff/gtf是貯存這些注釋信息的兩種文件格式。 GFF(general feature ...
原文：GTF/GFF文件的差異及其相互轉換
我們在做生物分析的時候，經常會碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注釋文件。他們有着相似的名字，甚至連內容都極為相似 那么，他們究竟差在哪里呢 GFF全稱為general feature format，這種格式主要是用來注釋基因組。 GTF全稱為gene transfer format，主要是用來對基因進行注釋。 數據結構 GTF文件以及GFF文件都由 列數據組成，這兩種文件的前 列都是相同的 ...
2018-07-25 17:34 0 2059 推薦指數：
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(轉) gffcompare和gffread | gtf | gff3 格式文件的分析 | gtf處理 | gtfparse
工具推薦：https://github.com/openvax/gtfparse 真不敢相信，Linux自帶的命令會這么強大，從gtf中提取出需要的transcript，看起來復雜，其實一個grep就搞定了。 grep -F -f out.list gffcmp.combined.gtf ...
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