【轉錄組入門】8：差異基因結果注釋
作業要求： 我們統一選擇p<0.05而且abs(logFC)大於一個與眾的基因為顯著差異表達基因集，對這個基因集用R包做KEGG/GO超幾何分布檢驗分析。 然后把表達矩陣和分組信息分別作出cls和gct文件，導入到GSEA軟件分析。 基本任務是完成這個分析。 【1】環境 ...
原文：【轉錄組入門】7：差異基因分析
作業要求： 使用R語言，載入表達矩陣，然后設置好分組信息，統一用DEseq 進行差異分析，當然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。 基本任務是得到差異分析結果，進階任務是比較多個差異分析結果的異同點。 安裝DESeq DESeq 對於輸入數據的要求： .DEseq 要求輸入數據是由整數組成的矩陣。 .DESeq 要求矩陣是沒有標准化的。 DESeq 進行差異表達分析 DESeq 分析 ...
2018-07-03 21:47 0 5049 推薦指數：
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作業要求： 在UCSC下載hg19參考基因組，我博客有詳細說明，從gencode數據庫下載基因注釋文件，並且用IGV去查看你感興趣的基因的結構，比如TP53,KRAS,EGFR等等。 作業，截圖幾個基因的IGV可視化結構！還可以下載ENSEMBL，NCBI的gtf，也導入IGV看看，截圖基因結構 ...