【轉錄組入門】5：序列比對
作業要求： 比對軟件很多，首先大家去收集一下，因為我們是帶大家入門，請統一用hisat2，並且搞懂它的用法。 直接去hisat2的主頁下載index文件即可，然后把fastq格式的reads比對上去得到sam文件。 接着用samtools把它轉為bam文件，並且排序(注意N和P兩種排序區別)索引 ...
原文：【轉錄組入門】6：reads計數
作業要求： 實現這個功能的軟件也很多，還是煩請大家先自己搜索幾個教程，入門請統一用htseq count，對每個樣本都會輸出一個表達量文件。 需要用腳本合並所有的樣本為表達矩陣。參考：生信編程直播第四題：多個同樣的行列式文件合並起來 對這個表達矩陣可以自己簡單在excel或者R里面摸索，求平均值，方差。 看看一些生物學意義特殊的基因表現如何，比如GAPDH, ACTIN等等。 安裝計數軟件：hts ...
2018-07-03 21:05 0 1609 推薦指數：
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