sra文件轉換為fastq格式 fastq-dump -h --split-3 也就是說如果SRA文件中只有一個文件,那么這個參數就會被忽略。如果原文件中 ...
作業要求: 本流程學習的文章是:AKAP regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun Nov : . PMID: 數據地址:GSE 作業:看文章的method,記下所用軟件和參數,理解GEO SRA數據的數據存放形式 具體步驟 找到數據地址:GSE 文獻檢索途徑:谷歌學術 SC ...
2018-06-11 14:25 0 1160 推薦指數:
sra文件轉換為fastq格式 fastq-dump -h --split-3 也就是說如果SRA文件中只有一個文件,那么這個參數就會被忽略。如果原文件中 ...
作業要求: 比對軟件很多,首先大家去收集一下,因為我們是帶大家入門,請統一用hisat2,並且搞懂它的用法。 直接去hisat2的主頁下載index文件即可,然后把fastq格式的reads比對上去得到sam文件。 接着用samtools把它轉為bam文件,並且排序(注意N和P兩種排序區別)索引 ...
操作:需要用安裝好的sratoolkit把sra文件轉換為fastq格式的測序文件,並且用fastqc軟件測試測序文件的質量 作業:理解測序reads,GC含量,質量值,接頭,index,fastqc的全部報告,搜索中文教程 具體步驟 【1】SRA文件轉換成fastq文件 ...
任務列表 比對軟件 hisat2的用法 下載index文件 比對、排序、索引 質量控制 載入IGV,截圖幾個基因 hisat2的用法 本作業是比對到基因組,所以使用gapped or splices mapper,此流程已經更新 ...
作業要求: 實現這個功能的軟件也很多,還是煩請大家先自己搜索幾個教程,入門請統一用htseq-count,對每個樣本都會輸出一個表達量文件。 需要用腳本合並所有的樣本為表達矩陣。參考:生信編程直播第四題:多個同樣的行列式文件合並起來 對這個表達矩陣可以自己簡單在excel或者R里面摸索,求平均值 ...
引發了最近對eval火爆的討論,剛好之前也做過類似的測試,我也跟風湊個熱鬧,提供兩組數據供大家參考。 測試環境: a. 機器:Intel(R) Corei7-2720 2.2Ghz (4核心8線程)、內存8Gb b. OS:Windows 7 Enterprise SP1 64-bit ...
作業要求: 使用R語言,載入表達矩陣,然后設置好分組信息,統一用DEseq2進行差異分析,當然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。 基本任務是得到差異分析結果,進階任務是比較多個差異分析結果的異同點。 【1】安裝DESeq2 DESeq2對於輸入數據 ...
作業要求: 我們統一選擇p<0.05而且abs(logFC)大於一個與眾的基因為顯著差異表達基因集,對這個基因集用R包做KEGG/GO超幾何分布檢驗分析。 然后把表達矩陣和分組信息分別作出c ...