用TCGA收集的mRNA表達數據作差異表達
做差異表達的軟件DEseq和edgeR所需要的數據格式必須是原始counts,經過normalization和log2后的數據都不適合，所以對於做差異表達計算的童鞋可以使用ExperimentHub下載TCGA的原始數據。 GEO地址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov ...
原文：用TCGA數據庫分析癌症和癌旁組織的表達差異
上周收到一條求助信息： 如何用TCGA數據庫分析LINC 在卵巢癌與正常組織的的表達差異 所以以這個題目為記錄分析過程如下： 一 下載數據 a 進入網站https: cancergenome.nih.gov 網頁截圖如下： b 進入數據下載 Launch Data Portal ，截圖如下： 進入數據下載接口后，有Projects Exploration Analysis Repository 四 ...
2018-05-22 16:01 0 17700 推薦指數：
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最出名，http://www.cbioportal.org/ 特色：最基本的簡單分析基因突變、共表達/共突變的基因，下載數據也可以，最常看的應該還是oncoPrint那個。 詳細用法：TCGA數據庫的數據怎么查？ 最方便，Ge-mini 特色：手機app，可隨時查看，主要關注基因表達 ...
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