TCGA一些數據庫


最出名,http://www.cbioportal.org/

特色:最基本的簡單分析基因突變、共表達/共突變的基因,下載數據也可以,最常看的應該還是oncoPrint那個。

詳細用法TCGA數據庫的數據怎么查?

 

最方便,Ge-mini

特色:手機app,可隨時查看,主要關注基因表達量的變化

 

詳細用法裝這個app,媽媽再不罵我捧着手機不干正事了


最細致
,http://ualcan.path.uab.edu/index.html

特色:1. 對腫瘤樣本做了很細很專業的分組subgroup,生存分析、表達量都可以選擇更細的亞型或臨床表型做對比。

2. 生存分析時,還能對比不同分期、性別、年齡、體重等臨床特征。

詳細用法TCGA數據庫挖掘分析,這個網站好用到爆!


最懶
,http://www.oncolnc.org/

特色:mRNA, miRNA, or lncRNA的生存分析

Here you can link TCGA survival data to mRNA, miRNA, or lncRNA expression levels. To get started simply input either a Tier 3 TCGA mRNA, miRNA, or MiTranscriptome beta lncRNA.

詳細用法懶人怎么做腫瘤病人的生存分析?

 

最權威,https://portal.gdc.cancer.gov/

特色:TCGA官網上是這么介紹的:這是一個交互的數據系統,可以供研究者查找、下載、上傳及分析癌症組學數據集包括TCGA的。

詳細用法數據庫專題之TCGA


最人性化
,http://www.firebrowse.org/,我經常會在這里下載數據

特色:1. download everything with 1 command

2. 圖形化顯示一起發生突變的基因,還能在網頁上交互式的改圖

詳細用法TCGA數據庫在線使用

 


最強大
,http://xena.ucsc.edu/getting-started/

特色:把hub下載下來,體驗不一樣的TCGA。

Securely analyze and visualize your private functional genomics data set in the context of public and shared genomic/phenotypic data sets.

詳細用法UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC)

 


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