最出名,http://www.cbioportal.org/
特色:最基本的簡單分析基因突變、共表達/共突變的基因,下載數據也可以,最常看的應該還是oncoPrint那個。
詳細用法:TCGA數據庫的數據怎么查?
最方便,Ge-mini
特色:手機app,可隨時查看,主要關注基因表達量的變化
詳細用法:裝這個app,媽媽再不罵我捧着手機不干正事了

最細致,http://ualcan.path.uab.edu/index.html
特色:1. 對腫瘤樣本做了很細很專業的分組subgroup,生存分析、表達量都可以選擇更細的亞型或臨床表型做對比。
2. 生存分析時,還能對比不同分期、性別、年齡、體重等臨床特征。

最懶,http://www.oncolnc.org/
特色:mRNA, miRNA, or lncRNA的生存分析
Here you can link TCGA survival data to mRNA, miRNA, or lncRNA expression levels. To get started simply input either a Tier 3 TCGA mRNA, miRNA, or MiTranscriptome beta lncRNA.
詳細用法:懶人怎么做腫瘤病人的生存分析?

最權威,https://portal.gdc.cancer.gov/
特色:TCGA官網上是這么介紹的:這是一個交互的數據系統,可以供研究者查找、下載、上傳及分析癌症組學數據集包括TCGA的。
詳細用法:數據庫專題之TCGA

最人性化,http://www.firebrowse.org/,我經常會在這里下載數據。
特色:1. download everything with 1 command
2. 圖形化顯示一起發生突變的基因,還能在網頁上交互式的改圖
詳細用法:TCGA數據庫在線使用

最強大,http://xena.ucsc.edu/getting-started/
特色:把hub下載下來,體驗不一樣的TCGA。
Securely analyze and visualize your private functional genomics data set in the context of public and shared genomic/phenotypic data sets.
詳細用法:UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC)

