原文:Secondary ,Supplementary alignment 和bwa mem的-M -Y參數

.supplementary alignment supplementary alignment是指一條read的一部分和參考區域 比對成功,另一部分和參考區域 比對成功,參考區域 和參考區域 沒有交集 或很少 ,那么一條read就會產生兩條sam文件, 將其中的一條sam文件作為represent alignment,而另一條作為supplementary alignment flag為 。 ...

2018-04-16 16:57 0 980 推薦指數:

查看詳情

BWA MEM算法

:1303.3997v2 摘要 BWA-MEM is a new alignment algorithm for ...

Wed Dec 28 01:32:00 CST 2016 0 11415
bwa用法

一 建立索引   比對之前,需要對fasta文件構建FM-index索引:bwa index -a bwtsw hg19.fasta   生成 hg19.fasta.amb、hg19.fasta.ann、hg19.fasta.bwt、hg19.fasta.pac、hg19.fasta.sa ...

Tue Jan 03 06:04:00 CST 2017 0 5061
apt install 參數 -y -f

sudo apt-get -y install: -y:yes,在命令行交互提示中,直接輸入 yes; sudo apt-get -f install -f:解決包依賴的問題 ...

Tue Jan 19 18:44:00 CST 2021 0 1056
Y-m-d轉換為Ym月d日

自己編寫的,不能直接套用,理解后可自行變化: $var=explode(' ',$res['act_starting']); $var1=$var[0]; ...

Thu Oct 25 01:29:00 CST 2018 4 498
bwa的使用方法

bwa的使用需要兩中輸入文件: Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna) Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根據reference genome ...

Fri Mar 06 03:17:00 CST 2015 0 23426
Python的-m參數

1、在命令行中啟動Python腳本的時候,經常會用到-m參數,那么-m起了什么作用呢? 2、先看看 python --help 給出的信息: run library module as a script (terminates option list) 意思是將庫中 ...

Thu Apr 06 06:20:00 CST 2017 0 76004
python命令之m參數

在命令行中使用python時,python支持在其后面添加可選參數。 python命令的可選參數有很多,例如:使用可選參數h可以查詢python的幫助信息; 可選參數m 下面我們來說說python命令的另一個可選參數m 首先我們可以使用 python -h來看看python自帶的幫助信息 ...

Sat Apr 14 22:54:00 CST 2018 0 4241
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM