原文:基因/轉錄本/任意特征 表達定量工具之featureCounts使用方法 | 參數詳解

featureCounts真的很厲害。 常見的參數 沒什么好說的,畢竟是固定的 : a o input file F t g Q T 關鍵是以下幾個參數怎么設置: f Perform read counting at feature level O Assign reads to all their overlapping meta features M Multi mapping reads w ...

2018-03-27 17:49 0 4364 推薦指數:

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基因組組裝工具之 SOAPdenovo 使用方法

SOAPdenovo是一個新穎的適用於組裝短reads的方法,能組裝出類似人類基因組大小的de novo草圖。 該軟件特地設計用來組裝Illumina GA short reads,新的版本減少了在圖創建時的內存消耗,解決了contig組裝時的重復區域的問題,增加了scaffold組裝時的覆蓋度 ...

Wed Jun 22 19:01:00 CST 2016 0 10200
lncRNA表達定量方法評估

見文章:Benchmark of lncRNA Quantification for RNA-Seq of Cancer Samples Overall, 10-16% of lncRNAs can ...

Tue Mar 27 23:42:00 CST 2018 0 881
chown命令參數使用方法詳解

Linux/Unix 是多人多工操作系統,所有的文件皆有擁有者。 一般來說,這個指令只有是由系統管理者(root)所使用使用權限 : root Linux chown命令 范例(所屬組,可以使用冒號或者點) ...

Thu Jun 27 03:16:00 CST 2019 0 931
詳解 awk 工具的簡單使用方法

來源:jarly https://my.oschina.net/jarly/blog/898144 【轉注】:awk 是一個強大的文本分析工具,本教材只是簡單的入門。結合Linux其它文件操作,shell腳本等強大的會爆表,經常接觸文件分析的同學建議深入學習。 當你 ...

Fri May 19 02:30:00 CST 2017 0 1981
rsem對轉錄本進行定量

最近在研究轉錄本,現在在下載數據,想起來自己有一個博客,就暫且來這里更新一下內容。 要想對轉錄本進行定量,首先需要下載它的轉錄組數據,將別人上傳的SRR文件的名字整理在wheat.txt中,引用 下載后通過sratoolkits將sra數據轉化成fq格式 --split-3將sra ...

Mon Nov 15 04:48:00 CST 2021 0 808
wkhtmltopdf參數詳解及精講使用方法

術語定義 文檔對象 “文檔對象”是指PDF文檔中的文檔對象,共有三種類型的“文檔對象”,他們分別是“頁面對象”,“封面對象”和“目錄對象”。 頁面對象 “頁面對象”是指以頁面 ...

Thu Jan 21 18:00:00 CST 2021 0 483
 
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