SOAPdenovo是一個新穎的適用於組裝短reads的方法,能組裝出類似人類基因組大小的de novo草圖。 該軟件特地設計用來組裝Illumina GA short reads,新的版本減少了在圖創建時的內存消耗,解決了contig組裝時的重復區域的問題,增加了scaffold組裝時的覆蓋度 ...
featureCounts真的很厲害。 常見的參數 沒什么好說的,畢竟是固定的 : a o input file F t g Q T 關鍵是以下幾個參數怎么設置: f Perform read counting at feature level O Assign reads to all their overlapping meta features M Multi mapping reads w ...
2018-03-27 17:49 0 4364 推薦指數:
SOAPdenovo是一個新穎的適用於組裝短reads的方法,能組裝出類似人類基因組大小的de novo草圖。 該軟件特地設計用來組裝Illumina GA short reads,新的版本減少了在圖創建時的內存消耗,解決了contig組裝時的重復區域的問題,增加了scaffold組裝時的覆蓋度 ...
見文章:Benchmark of lncRNA Quantification for RNA-Seq of Cancer Samples Overall, 10-16% of lncRNAs can ...
Linux/Unix 是多人多工操作系統,所有的文件皆有擁有者。 一般來說,這個指令只有是由系統管理者(root)所使用, 使用權限 : root Linux chown命令 范例(所屬組,可以使用冒號或者點) ...
來源:jarly https://my.oschina.net/jarly/blog/898144 【轉注】:awk 是一個強大的文本分析工具,本教材只是簡單的入門。結合Linux其它文件操作,shell腳本等強大的會爆表,經常接觸文件分析的同學建議深入學習。 當你 ...
這么多工具和基因組版本,選擇困難症犯了,到底用哪個好呢? 2018 nature - Developmental diversification of cortical inhibitory interneurons : ENSEMBL release 84 Mus musculus ...
轉載於:https://www.ivistang.com/articles/312 准備軟件和數據 安裝miniconda wget -c https://repo.ana ...
最近在研究轉錄本,現在在下載數據,想起來自己有一個博客,就暫且來這里更新一下內容。 要想對轉錄本進行定量,首先需要下載它的轉錄組數據,將別人上傳的SRR文件的名字整理在wheat.txt中,引用 下載后通過sratoolkits將sra數據轉化成fq格式 --split-3將sra ...
術語定義 文檔對象 “文檔對象”是指PDF文檔中的文檔對象,共有三種類型的“文檔對象”,他們分別是“頁面對象”,“封面對象”和“目錄對象”。 頁面對象 “頁面對象”是指以頁面 ...