關於基因組注釋文件GTF的解釋
GTF文件的全稱是gene transfer format，主要是對染色體上的基因進行標注。怎么理解呢，其實所謂的基因名，基因座等，都只是后來人們給一段DNA序列起的名字而已，還原到細胞中就是細胞核里面的一條長長的染色體（DNA序列）。而這個GTF文件的主要功能，就是指出我們所謂的基因在染色體 ...
原文：初步了解hg19注釋文件的內容 | gtf
hg 有哪些染色體 chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chrX chrY chrM 其實還有其他 染色體 ，只是我們的研究一般用不到，所以就沒有合並進來。比如做同源分析，找變異什么的，還是要選好基因組。 gene type有哪些 cat gencode.v ...
2018-03-26 19:38 0 1371 推薦指數：
相關推薦
hg19基因組 | 功能區域 | 位置提取
如何獲取hg19的CDS、UTR、intergenic、intron等的位置信息？ 參考手冊： Hg19 regions for Intergenic, Promoters, Enhancer, Exon, Intron, 5-UTR, 3-UTR 怎么從gtf文件獲取genome ...
參考基因組及注釋文件下載
從三大核酸數據庫NCBI、Ensembl、UCSC 下載參考序列及注釋文件 0.人類基因組版本對應關系 NCBI Ensembl UCSC GRCh36 release_52 hg ...
【轉錄組入門】4：參考基因組和注釋文件
作業要求： 在UCSC下載hg19參考基因組，我博客有詳細說明，從gencode數據庫下載基因注釋文件，並且用IGV去查看你感興趣的基因的結構，比如TP53,KRAS,EGFR等等。 作業，截圖幾個基因的IGV可視化結構！還可以下載ENSEMBL，NCBI的gtf，也導入IGV看看，截圖基因結構 ...
用哪個版本的基因組和注釋文件好？| 親測
What Ensembl genome version should I use for alignments? (e.g. toplevel.fa vs. primary_assembly.fa) ...
GRCh38基因組和注釋文件探究
ensembl/release91: cat Homo_sapiens.GRCh38.91.gtf | grep -v "#" | cut -f9 | cut -f1,3,6,8 -d\; | grep gene_biotype | sed -e 's/\"//g' | sed -e 's ...
C# XML 文檔注釋文件格式
;輸出->XML 文檔文件"，來為當前項目生成包含所有文檔注釋的 XML 文件。一般可用於 Visu ...
gtf文件學習+讀取
轉自：https://blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72851239 1.基本 GFF和GTF是兩種最常用的數據庫注釋格式，基因注釋文件。 GFF全稱為general feature format，這種格式主要是用來注釋基因組 ...