作業要求: 在UCSC下載hg19參考基因組,我博客有詳細說明,從gencode數據庫下載基因注釋文件,並且用IGV去查看你感興趣的基因的結構,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 作業,截圖幾個基因的IGV可視化結構!還可以下載ENSEMBL,NCBI的gtf,也導入IGV看看,截圖基因結構 ...
What Ensembl genome version should I use for alignments e.g. toplevel.fa vs. primary assembly.fa 這是一個很細節也很實際的問題,到底用哪個版本 參考: What Ensembl genome version should I use for alignments e.g. toplevel.fa vs. ...
2018-03-25 19:40 0 2477 推薦指數:
作業要求: 在UCSC下載hg19參考基因組,我博客有詳細說明,從gencode數據庫下載基因注釋文件,並且用IGV去查看你感興趣的基因的結構,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 作業,截圖幾個基因的IGV可視化結構!還可以下載ENSEMBL,NCBI的gtf,也導入IGV看看,截圖基因結構 ...
從三大核酸數據庫NCBI、Ensembl、UCSC 下載參考序列及注釋文件 0.人類基因組版本對應關系 NCBI Ensembl UCSC GRCh36 release_52 hg18 ...
ensembl/release91: cat Homo_sapiens.GRCh38.91.gtf | grep -v "#" | cut -f9 | cut -f1,3,6,8 -d\; | ...
GTF文件的全稱是gene transfer format,主要是對染色體上的基因進行標注。怎么理解呢,其實所謂的基因名,基因座等,都只是后來人們給一段DNA序列起的名字而已,還原到細胞中就是細胞核里面的一條長長的染色體(DNA序列)。而這個GTF文件的主要功能,就是指出我們所謂的基因在染色體 ...
基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...
目錄 1. ncRNA 2. 軟件 tRNA注釋 rRNA注釋 其他ncRNA注釋 3. 注釋 tRNA rRNA snRNA、miRNA等 4. snRNA、miRNA等結果的統計 ...
之間介紹過annovar進行對snp注釋,今天介紹snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...
參考基因組下載 基因組各版本的對應關系http://www.bio-info-trainee.com/1469.html GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52. GRCh37 (hg19): ENSEMBL release_59/61/64/68/69/75. ...