原文:Biopython 模塊處理Seq序列 方法

Biopython 模塊 .序列 賦值 Bio.Alphabet.IUPAC 提供蛋白質 DNA和RNA的基本定義,並提供擴展和定制基本定義的功能。 . DNA 字母表 基本字母:IUPACUnambiguousDNA每種可能下的歧義字母:IUPACAmbiguousDNA修飾后的鹼基:ExtendedIUPACDNA . 蛋白字母表基本的IUPACProtein類 包含常見的 中氨基酸Exten ...

2018-02-11 23:52 0 3241 推薦指數:

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序列序列模型(seq2seq)

1. 什么是seq2seq   在⾃然語⾔處理的很多應⽤中,輸⼊和輸出都可以是不定⻓序列。以機器翻譯為例,輸⼊可以是⼀段不定⻓的英語⽂本序列,輸出可以是⼀段不定⻓的法語⽂本序列,例如:   英語輸⼊:“They”、“are”、“watching”、“.”   法語輸出:“Ils ...

Wed Apr 07 16:32:00 CST 2021 0 277
利用biopython批量下載基因序列

構建自己需要的blast庫,需要下載所有自己需要的基因。利用biopython可以快速完成。 1.首先,利用 “org.Hs.eg.db” 將自己的基因symbol轉成accession中的id 結果如下: 2.利用biopython下載序列 ...

Thu Dec 27 22:26:00 CST 2018 0 785
Biopython常用功能模塊

Biopython項目是旨在減少計算生物學中代碼重復的開源項目之一,由國際開發人員協會創建。 它包含表示生物序列序列注釋的類,並且能夠讀取和寫入各種文件格式(FASTA,FASTQ,GenBank和Clustal等), 支持以程序化方式訪問生物信息的在線數據庫(例如,NCBI)。 獨立的模塊擴展 ...

Thu May 10 06:22:00 CST 2018 0 6005
Biopython SeqIO 讀取序列文件,讀取信息,寫入序列

Biopython1.序列賦值 轉錄(反轉錄) 翻譯 反向互補2.讀取序列文件,識別序列的屬性信息。SeqRecord提供序列及其注釋的容器屬性:seq :一條生物序列id:基本ID,標識這條序列name:常用分子的名稱description:序列分子的描述letter_annotation ...

Mon Feb 12 18:56:00 CST 2018 0 927
Biopython SeqIO 讀取序列文件,讀取信息,寫入序列

Biopython 1.序列賦值 轉錄(反轉錄) 翻譯 反向互補2.讀取序列文件,識別序列的屬性信息。 SeqRecord提供序列及其注釋的容器屬性: seq :一條生物序列id:基本ID,標識這條序列name:常用分子的名稱description:序列分子的描述 ...

Mon Dec 28 17:51:00 CST 2020 0 419
seq與Shell序列生成

有時候可能有這樣的需要:用Shell生成類似0001這樣的序列作為批次號,這里整理了一下個人的方法 方法一:通過seq命令 seq命令可以生成從某個數字到遞增到另一數字的序列。用法如下: 選項參數如下: 示例1:指定序列格式 示例2:指定序列 ...

Tue Jul 04 00:17:00 CST 2017 0 3456
python處理.seq文件

# Deal with .seq format for video sequence # Author: Kaij # The .seq file is combined with images, # so I split the file into several images ...

Thu Apr 03 04:01:00 CST 2014 0 3373
 
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