Salmon 概述 該軟件采用新的雙階段 dual phase 統計推斷程序，以及針對每個樣本存在sequence specific, fragment GC content, 和 positional biases而應用的sample specific bias models。 該軟件由三個部分組成： 一個輕量級的 mapping model, 一個估計初始表達水平的在線階段 an online ...
2018-01-25 22:03 0 2804 推薦指數：
可變剪切的預測已經很流行了，目前主要有兩個流派： 用DNA序列以及variant來預測可變剪切；GeneSplicer、MaxEntScan、dbscSNV、S-CAP、MMSplice、clinVar、spliceAI 用RNA來預測可變剪切；MISO、rMATS、DARTS ...
A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq數據分析指南 內容 前言 各位同學/老師，大家好，現在由我給大家講講我的文獻閱讀報告！ A survey of best practices ...
Directional RNA-seq data -which parameters to choose? REF: https://chipster.csc.fi/manual/library-type-summary.html Directional RNA-seq methods ...
什么是RNA-Seq (RNA Sequencing) 2011-07-14 ~ ADMIN 隨着ome為詞尾的各種組學的出現，轉錄組學已經成為了人們了解生物信息的一個重要組成部分。人們使用了許多辦法來掌握轉錄組的情況，主要分為兩類，一類是基於雜交，一類是基於下一代測序技術 ...
簡單理解RNA-seq 劉小澤 已關注 2018.10.17 23:51* 字數 1518 閱讀 46評論 0喜歡 3 今天就當一個小故事看吧，看了statQuest，感覺講的很棒，於是分享給大家原版視頻后台回復 ...
這部分開始進行基本的富集分析，兩類 A：差異基因富集分析（不需要表達值，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不管有無差異， ...
轉錄組是某個物種或者特定細胞類型產生的所有轉錄本的集合。轉錄組研究能夠從整體水 平研究基因功能以及基因結構，揭示特定生物學過程以及疾病發生過程中的分子機理，已廣泛應 用於基礎研究、臨床 ...
無生物學重復RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biological replicates BMC Bioinformatics 的一篇文章中提出了一種新 ...
