轉錄組差異表達分析小實戰（二）
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原文：轉錄組差異表達分析工具Ballgown
Ballgown是分析轉錄組差異表達的R包。 軟件安裝： 運行R， source http: bioconductor.org biocLite.R biocLite ballgown R會自動安裝Ballgown，及相應的依賴包。 Ballgown的輸入文件 StringTie使用 B參數直接生成Ballgown的輸入文件，Cufflinks的輸出結果需要使用Tablemaker生成Ballg ...
2017-12-13 12:37 0 3077 推薦指數：
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使用RSEM進行轉錄組測序的差異表達分析
仍然是兩年前的筆記 1. prepare-reference 如果用RSEM對比對后的bam進行轉錄本定量，則在比對過程中要確保比對用到的索引是由rsem-prepare-reference產生的。 可以看到，單純用bowtie2建的索引和rsem調用bowtie2建的索引 ...
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轉錄組（八）：差異基因注釋
引入clusterProfiler與注釋數據 GO(gene ontology)分析 GO，Gene Ontology，是基因功能國際標准分類體系。它旨在建立一個適用於各種物種的，對基因和蛋白質功能進行限定和描述的，並能隨着研究不斷深入而更新的語言詞匯標准。GO分為分子功能 ...