原文:complexHeatmap包畫分類熱圖

用途:一般我們畫熱圖是以連續變量作為填充因子,complexHeatmap的oncopoint函數可以以類別變量作為填充因子作熱圖。 用法:oncoPrint mat, get type function x x,alter fun alter fun list, alter fun list NULL, col,row order oncoprint row order ,column orde ...

2017-11-08 15:10 0 2473 推薦指數:

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ComplexHeatmap 繪制腫瘤突變分布

來源:https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/ 安裝 7.2 Apply to cBioPortal dataset 通過使用實際數據展示oncoPring()的優勢。數據來源於cBioPortal。執行步驟 ...

Wed Sep 11 18:36:00 CST 2019 1 2164
用R中heatmap畫

一:導入R及需要畫的數據 library(pheatmap) data<- read.table("F:/R練習/R測試數據/heatmapdata.txt",head = T,row.names=1,sep="\t") 二:畫圖 1)pheatmap(data)#默認參數 ...

Fri Jun 08 04:27:00 CST 2018 1 4060
ComplexHeatmap|根據excel表繪制突變景觀(oncoplot)

本文首發於“生信補給站”:https://mp.weixin.qq.com/s/8kz2oKvUQrCR2_HWYXQT4g 如果有maf格式的文件,可以直接oncoplot繪制瀑布,有多種展示和統計maftools | 從頭開始繪制發表級oncoplot ...

Thu Jun 18 02:51:00 CST 2020 0 896
R繪圖(2): 離散/分類變量如何畫/方塊

相信很多人都看到過上面這種方塊,有點像“華夫餅”的升級版,也有點像“”的離散版。我在一些臨床多組學的文章里面看到過好幾次這種,用它來展示病人的臨床信息非常合適,我自己也用R或者AI畫過類似的。今天給大家演示一下,如何用ggplot2里面的geom_tile函數畫這種。 先構造 ...

Sun Jan 03 01:56:00 CST 2021 0 684
使用GenVisR進行驅動突變的繪制

使用GenVisR進行驅動突變的繪制 介紹 通過熱顯示突變的整體情況 代碼講解 加載,讀入數據 它的輸入數據’drivers_lung.txt’部分如下 代碼如下 這里用GenVisR的waterfall函數進行突變的瀑布繪制 ...

Fri Nov 13 06:44:00 CST 2020 0 446
Origin2017畫分組柱狀

用Origin2017畫分組柱狀,由於分組較多(10個組),每個組內的數據也很多(14條記錄),因此需要畫一個比較寬的柱狀才好看,操作如下: 1、輸入好數據,直接繪制【柱狀】; 2、此時,繪出的柱狀,是個正方形的,分組太密集,看不清楚。將鼠標放在坐標區域的外部的任一空白位置 ...

Fri May 01 04:56:00 CST 2020 0 2639
 
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