原文:GEO/SRA數據庫

GEO數據庫 GEO數據庫隸屬於NCBI,是最大最全面的基因表達數據庫,主要是芯片和轉錄組測序數據。除儲存數據外,也提供一些數據挖掘工具,因此利用好這個數據庫,沒有實驗,沒有自己的數據也能發好文章 https: www.ncbi.nlm.nih.gov geo SRA文件的存放 從NCNI的這個站點 https: www.ncbi.nlm.nih.gov projects faspftp 可以看 ...

2017-09-06 13:51 0 2293 推薦指數:

查看詳情

NCBI SRA數據庫

簡介 SRA數據庫是美國國立衛生研究院(NIH)的高通量測序數據的主要歸檔,是國際核苷酸序列數據庫協作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列讀取存檔(SRA),歐洲生物信息學研究所(EBI)和DNA數據庫 日本(DDBJ)。 提交給三個組織中的任何一個的數據都是共享的。 SRA ...

Thu Jul 19 04:44:00 CST 2018 0 1663
NCBI SRA數據庫使用詳解

轉:https://shengxin.ren/article/16 https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html 批量下載SRA http://www.360doc.com/content/18/0428/15 ...

Fri Aug 24 05:03:00 CST 2018 0 14081
tile38 一款開源的geo 數據庫

tile38 是基於golang 編寫的geo 數據庫,支持地理空間索引、實時地理圍欄,同時也支持leader-flower 的部署模型 備注: 下邊測試一個簡單的地理圍欄功能 環境准備 docker-compose 文件 包含了一個簡單的webhook 工具 ...

Sat Jan 12 19:08:00 CST 2019 0 930
芯片數據分析步驟1 芯片數據下載-GEOGEO數據庫下載數據的方法

GEO數據庫下載數據的方法 1、在GEO DATASETS中輸入關鍵詞,選擇符合的GSE,在ftp中進行 手動下載 2、找到符合的GSE,在R中使用 GEOquery 包進行下載 GEO數據庫數據種類 1、Platforms 平台 包含有芯片的探針信息,如cDNAs,寡核苷酸 ...

Wed Jun 30 19:57:00 CST 2021 0 317
上傳RNA-seq數據到NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳

上傳RNA-seq數據到NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳 SRA - NCBI example - NCBI 要發文章了,審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群,不可能放在個人電腦上,因為有的數據大的嚇人 ...

Tue May 26 21:44:00 CST 2020 0 1220
上傳RNA-seq數據到NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳

SRA - NCBI example - NCBI 要發文章了,審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群,不可能放在個人電腦上,因為有的數據大的嚇人(幾個T)。 所以我們就建一個文件夾,然后把所有需要的fastq文件鏈接到這個文件夾就行了(copy太慢,也太占空間 ...

Wed May 30 00:58:00 CST 2018 0 6106
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM