簡介 SRA數據庫是美國國立衛生研究院(NIH)的高通量測序數據的主要歸檔,是國際核苷酸序列數據庫協作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列讀取存檔(SRA),歐洲生物信息學研究所(EBI)和DNA數據庫 日本(DDBJ)。 提交給三個組織中的任何一個的數據都是共享的。 SRA ...
GEO數據庫 GEO數據庫隸屬於NCBI,是最大最全面的基因表達數據庫,主要是芯片和轉錄組測序數據。除儲存數據外,也提供一些數據挖掘工具,因此利用好這個數據庫,沒有實驗,沒有自己的數據也能發好文章 https: www.ncbi.nlm.nih.gov geo SRA文件的存放 從NCNI的這個站點 https: www.ncbi.nlm.nih.gov projects faspftp 可以看 ...
2017-09-06 13:51 0 2293 推薦指數:
簡介 SRA數據庫是美國國立衛生研究院(NIH)的高通量測序數據的主要歸檔,是國際核苷酸序列數據庫協作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列讀取存檔(SRA),歐洲生物信息學研究所(EBI)和DNA數據庫 日本(DDBJ)。 提交給三個組織中的任何一個的數據都是共享的。 SRA ...
轉:https://shengxin.ren/article/16 https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html 批量下載SRA http://www.360doc.com/content/18/0428/15 ...
tile38 是基於golang 編寫的geo 數據庫,支持地理空間索引、實時地理圍欄,同時也支持leader-flower 的部署模型 備注: 下邊測試一個簡單的地理圍欄功能 環境准備 docker-compose 文件 包含了一個簡單的webhook 工具 ...
從GEO數據庫下載數據的方法 1、在GEO DATASETS中輸入關鍵詞,選擇符合的GSE,在ftp中進行 手動下載 2、找到符合的GSE,在R中使用 GEOquery 包進行下載 GEO數據庫的數據種類 1、Platforms 平台 包含有芯片的探針信息,如cDNAs,寡核苷酸 ...
很多時候我們需要從GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下載RNA-seq數據,一個典型的下載頁面是https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE76381(搜 GSE76381)。 這里你會看 ...
目錄 1.Conda連接不上鏡像源問題 2. aspera不能再獨立使用 3.使用prefetch搭配aspera 4. prefetch下載方法 記錄下下 ...
上傳RNA-seq數據到NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳 SRA - NCBI example - NCBI 要發文章了,審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群,不可能放在個人電腦上,因為有的數據大的嚇人 ...
SRA - NCBI example - NCBI 要發文章了,審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群,不可能放在個人電腦上,因為有的數據大的嚇人(幾個T)。 所以我們就建一個文件夾,然后把所有需要的fastq文件鏈接到這個文件夾就行了(copy太慢,也太占空間 ...