實際應用中,異常值的出現會毀掉一張熱圖。這通常不是我們想要的。為了更好的可視化效果,需要對數據做些預處理,主要有對數轉換,Z-score轉換,抹去異常值,非線性顏色等方式。 對數轉換 為了方便描述,假設下面的數據是基因表達數據,4個基因 (a, b, c, d)和5個樣品 ...
繪制熱圖除了使用ggplot ,還可以有其它的包或函數,比如pheatmap::pheatmap pheatmap包中的pheatmap函數 gplots::heatmap. 等。 相比於ggplot 作heatmap, pheatmap會更為簡單一些,一個函數設置不同的參數,可以完成行列聚類 行列注釋 Z score計算 顏色自定義等。 data ori lt Grp Grp Grp Grp ...
2017-08-28 17:03 0 2436 推薦指數:
實際應用中,異常值的出現會毀掉一張熱圖。這通常不是我們想要的。為了更好的可視化效果,需要對數據做些預處理,主要有對數轉換,Z-score轉換,抹去異常值,非線性顏色等方式。 對數轉換 為了方便描述,假設下面的數據是基因表達數據,4個基因 (a, b, c, d)和5個樣品 ...
生成測試數據 繪圖首先需要數據。通過生成一堆的向量,轉換為矩陣,得到想要的數據。 data <- c(1:6, 6:1, 6:1, 1:6, (6:1)/10, ( ...
第一章 R語言介紹 讀取,設置當前工作區 setwd("E:\\Desktop\\R Language\\R") getwd() 特殊顯示格式 > options(digits=3) #顯示小數點后三位 > x<-runif(20) ? > x [1] 0.329 ...
R語言的起源 R語言主要受S語言( 1976年John Chambers在貝爾實驗室創建)和Scheme語言(20世紀70年代在麻省理工學院AI實驗室的Guy L. Steele和Gerald Jay Sussman創建)影響發展而來,主要用戶為統計學家和數據分析人員,常用於統計分析和圖形可視化 ...
最近用igraph包處理社交網絡,有若干技巧。 1.輸出圖中所有節點 V(g)$name g是相應的圖 2.根據節點degree輸出節點 V(g)[degree(g)>3] 將圖中degree大於3的節點輸出 g是相應的圖 ...
本系列是一個新的系列,在此系列中,我將和大家共同學習R語言。由於我對R語言的了解也甚少,所以本系列更多以一個學習者的視角來完成。 參考教材:《R語言實戰》第二版(Robert I.Kabacoff),書中所提到的John Cook的優秀博文,關於代碼規范的《來自Google的R語言編碼風格指南 ...
第四,五章學習總結,這兩章主要講解了R語言的系統函數,例如怎么把缺失值剔除,數據類型的識別和轉換,數據集的合並,怎么使用SQL庫,函數以及R程序的順序,選擇和循環的實現方式。 缺失值 > manager <- c(1,2,3,4,5) > date<-c ...
R語言支持很多圖形,並且有些圖形是非常少見的,可能也因為自己不是專業弄數據分析的所以就孤陋寡聞了,總結下目前學習到的圖形。 條形圖 這個圖比較常見,很多數據統計軟件都支持這種圖形,這種圖形可以很好的展示數據的匯總結果,可以簡潔明了的方式表達數據背后的含義 > ...