原文:R語言學習 - 熱圖繪制heatmap

生成測試數據 繪圖首先需要數據。通過生成一堆的向量,轉換為矩陣,得到想要的數據。 data lt c : , : , : , : , : , : , : , : , : , : , : , : , : , : , : , : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...

2017-08-27 17:35 0 25766 推薦指數:

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R語言學習 - 美化

實際應用中,異常值的出現會毀掉一張。這通常不是我們想要的。為了更好的可視化效果,需要對數據做些預處理,主要有對數轉換,Z-score轉換,抹去異常值,非線性顏色等方式。 對數轉換 為了方便描述,假設下面的數據是基因表達數據,4個基因 (a, b, c, d)和5個樣品 ...

Wed Aug 30 09:11:00 CST 2017 0 3268
R語言學習 - 簡化

繪制除了使用ggplot2,還可以有其它的包或函數,比如pheatmap::pheatmap (pheatmap包中的pheatmap函數)、gplots::heatmap.2等。 相比於ggplot2作heatmap, pheatmap會更為簡單一些,一個函數設置 ...

Tue Aug 29 01:03:00 CST 2017 0 2436
R語言學習 - 線圖繪制

線圖是反映趨勢變化的一種方式,其輸入數據一般也是一個矩陣。 單線圖 假設有這么一個矩陣,第一列為轉錄起始位點及其上下游5 kb的區域,第二列為H3K27ac修飾在這些區域的豐度,想繪制一張線圖展示。 profile="Pos;H3K27ac -5000;8.7 ...

Thu Aug 31 01:49:00 CST 2017 0 6235
R包中heatmap

一:導入R包及需要畫的數據 library(pheatmap) data<- read.table("F:/R練習/R測試數據/heatmapdata.txt",head = T,row.names=1,sep="\t") 二:畫圖 1)pheatmap(data)#默認參數 ...

Fri Jun 08 04:27:00 CST 2018 1 4060
Matplotlib學習---用matplotlib畫heatmap

這里利用Nathan Yau所著的《鮮活的數據:數據可視化指南》一書中的數據,學習畫圖。 數據地址:http://datasets.flowingdata.com/ppg2008.csv 首先查看一下數據文件的前5行: 這是NBA球員的比賽統計數據,比如說AST ...

Thu Aug 16 03:12:00 CST 2018 0 3753
R語言學習筆記:繪制地圖

R中畫地圖先從簡單的maps包開始。 library("maps") 在這個maps包中有一些數據集,用命令data(package=”maps”),可以看到如下數據: canada.cities Database of Canadian cities ...

Fri Nov 14 21:58:00 CST 2014 0 7146
R語言學習筆記(二)

第一章 R語言介紹 讀取,設置當前工作區 setwd("E:\\Desktop\\R Language\\R") getwd() 特殊顯示格式 > options(digits=3) #顯示小數點后三位 > x<-runif(20) ? > x [1] 0.329 ...

Tue Sep 26 00:01:00 CST 2017 0 1474
R語言學習入門

R語言的起源 R語言主要受S語言( 1976年John Chambers在貝爾實驗室創建)和Scheme語言(20世紀70年代在麻省理工學院AI實驗室的Guy L. Steele和Gerald Jay Sussman創建)影響發展而來,主要用戶為統計學家和數據分析人員,常用於統計分析和圖形可視化 ...

Wed Sep 29 05:58:00 CST 2021 0 184
 
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