實際應用中,異常值的出現會毀掉一張熱圖。這通常不是我們想要的。為了更好的可視化效果,需要對數據做些預處理,主要有對數轉換,Z-score轉換,抹去異常值,非線性顏色等方式。 對數轉換 為了方便描述,假設下面的數據是基因表達數據,4個基因 (a, b, c, d)和5個樣品 ...
生成測試數據 繪圖首先需要數據。通過生成一堆的向量,轉換為矩陣,得到想要的數據。 data lt c : , : , : , : , : , : , : , : , : , : , : , : , : , : , : , : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...
2017-08-27 17:35 0 25766 推薦指數:
實際應用中,異常值的出現會毀掉一張熱圖。這通常不是我們想要的。為了更好的可視化效果,需要對數據做些預處理,主要有對數轉換,Z-score轉換,抹去異常值,非線性顏色等方式。 對數轉換 為了方便描述,假設下面的數據是基因表達數據,4個基因 (a, b, c, d)和5個樣品 ...
繪制熱圖除了使用ggplot2,還可以有其它的包或函數,比如pheatmap::pheatmap (pheatmap包中的pheatmap函數)、gplots::heatmap.2等。 相比於ggplot2作heatmap, pheatmap會更為簡單一些,一個函數設置 ...
線圖是反映趨勢變化的一種方式,其輸入數據一般也是一個矩陣。 單線圖 假設有這么一個矩陣,第一列為轉錄起始位點及其上下游5 kb的區域,第二列為H3K27ac修飾在這些區域的豐度,想繪制一張線圖展示。 profile="Pos;H3K27ac -5000;8.7 ...
一:導入R包及需要畫熱圖的數據 library(pheatmap) data<- read.table("F:/R練習/R測試數據/heatmapdata.txt",head = T,row.names=1,sep="\t") 二:畫圖 1)pheatmap(data)#默認參數 ...
這里利用Nathan Yau所著的《鮮活的數據:數據可視化指南》一書中的數據,學習畫圖。 數據地址:http://datasets.flowingdata.com/ppg2008.csv 首先查看一下數據文件的前5行: 這是NBA球員的比賽統計數據,比如說AST ...
在R中畫地圖先從簡單的maps包開始。 library("maps") 在這個maps包中有一些數據集,用命令data(package=”maps”),可以看到如下數據: canada.cities Database of Canadian cities ...
第一章 R語言介紹 讀取,設置當前工作區 setwd("E:\\Desktop\\R Language\\R") getwd() 特殊顯示格式 > options(digits=3) #顯示小數點后三位 > x<-runif(20) ? > x [1] 0.329 ...
R語言的起源 R語言主要受S語言( 1976年John Chambers在貝爾實驗室創建)和Scheme語言(20世紀70年代在麻省理工學院AI實驗室的Guy L. Steele和Gerald Jay Sussman創建)影響發展而來,主要用戶為統計學家和數據分析人員,常用於統計分析和圖形可視化 ...