原文:三代測序組拼接組裝工具Falcon

基因組裝配工具Falcon工作流程 Falcon簡介Falcon Fast Alignment and CONsensus ,是由PacBio 太平洋生物科技公司 新開發的二倍體基因組從頭拼接組裝工具,由HGAP Hierarchical Genome Assembly Process 擴展而來,但擁有更快的拼接組裝效率。Falcon的正常運行,需要DAZZ DB模塊用來構建序列的數據庫,DALI ...

2017-08-21 17:37 0 3362 推薦指數:

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Falcon三代reads比對組裝工具

主頁:github: PacificBiosciences/FALCON 簡介 Falcon是一通過快速比對長reads,從而來consensus和組裝工具Falcon工具包是一簡單的代碼集合,我使用它們來研究單倍體和二倍體基因的高效組裝算法。 為了提高計算速度,它有 ...

Mon Aug 01 17:10:00 CST 2016 0 5032
三代全長轉錄測序組裝

這些三代全長轉錄測序的相關問題,可以幫到愛學習的我哦 1.什么是三代全長轉錄測序 三代全長轉錄測序,即利用PacBio三代測序平台對某一物種的mRNA進行測序研究。它以平均超長讀長10-15kb的優勢、結合多片段文庫篩選技術,實現了無需拼接的轉錄本分析,克服了傳統二轉錄 ...

Tue Jun 30 23:16:00 CST 2020 0 2071
三代全長轉錄測序

三代轉錄”是什么?對於混跡在科研領域的一員,如果現在還不了解全長轉錄測序,恐怕都不好意思說自己了解高通量測序了呢! 今天小編總結了一些三代全長轉錄測序的相關問題,給大家來一個詳細全面的解釋,希望可以幫到愛學習的您哦! 1.什么是三代全長轉錄測序 三代全長轉錄測序,即利用 ...

Sun May 12 23:22:00 CST 2019 0 539
三代測序及基於三代數據的基因組組裝流程評估

三代測序及基於三代數據的基因組組裝流程評估 2018-04-04 12:13 名詞解釋 1D:ONT平台僅測一個DNA分子的一條鏈,測序通量比2D高但准確率低於2D序列。 2D:bi-directional reads即ONT平台測DNA分子的正負兩鏈 ...

Tue May 14 23:46:00 CST 2019 0 1286
一 二 三代測序技術

在日常的科研中我們時不時的會聽到小伙伴們在討論那些關於測序的東西,什么高通量測序,二測序,Sanger測序等等。今天我們就用最簡單的言語來講解一下這三種測序技術。 一測序技術,也被稱為Sanger測序,其實是由一個叫Sanger的人發明的一種測序方式。其利用了雙脫氧核苷酸會終止PCR的原理 ...

Sun May 19 18:37:00 CST 2019 0 1069
Flye 三代組裝

Flye: 原始 PB / ONT reads 作為輸入文件,輸出 polished contigs文件 Genome Data Asm.Size ...

Tue Nov 05 17:53:00 CST 2019 0 340
三代測序

三代測序 6.1 三代測序就是指單分子測序。 對於三代測序,存在多種定義。我們采用其中最簡單易懂的那種。此種定義之下的三代測序技術,原本三足鼎立,不幸最早出現的Helicos早早謝幕,后來雖有科學家出大力進行挽救,也沒有搶救成功,以致如今剩下Nanopore和PacBio雙雄並峙。 三代 ...

Tue Sep 22 02:09:00 CST 2020 0 809
三代組裝」使用Pilon對基因進行polish

對初步組裝進行polish 以FASTA和BAM文件作為輸入,根據比對結果對輸入的參考基因進行提高,包括 單鹼基差異 小的插入缺失(indels) 較大的插入缺失或者block替換 填充參考序列中的N 找到局部的錯誤組裝 最后輸出polish后的FASTA ...

Mon Sep 23 19:43:00 CST 2019 0 556
 
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