1. Blast (1)格式化數據庫 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要參數: -i 輸入需要格式化的源數據庫名稱 -p 文件類型,是核苷酸序列數據庫(F - nucleotide)/蛋白質序列數據庫(T – protein ...
以后打算工作中用到的相關BLAST操作全部用BLAST 來完成 與以前的Blast相以,我們還是從格式化數據庫到比對開始 一般我們是有一個fasta文件用來格式化數據庫,以前的命令是formatdb,現在是makeblastdb 一般用到的格式如下: makeblastdb in input file dbtype molecule type title database title parse ...
2017-08-06 16:14 0 1670 推薦指數:
1. Blast (1)格式化數據庫 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要參數: -i 輸入需要格式化的源數據庫名稱 -p 文件類型,是核苷酸序列數據庫(F - nucleotide)/蛋白質序列數據庫(T – protein ...
軟件下載 BLAST+的一般用法如下: 格式化數據庫 參數說明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:數據庫類型,prot或nucl -out:數據庫名 蛋白序列比對蛋白數據庫(blastp) 參數說明: -query: 輸入文件路徑及文件名 -out:輸出文件路徑 ...
blast+本地化的構建對於流程化處理大量數據序列很方便,blast+是將blast模塊化,分為了蛋白質序列比對蛋白數據庫(blastp)、核酸序列比對核酸數據庫(blastn)、核酸序列比對蛋白質數據庫(blastx)、蛋白質比對翻譯后的核酸數據庫(tblastn)、 翻譯后的核酸序列比對翻譯 ...
鏈接:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=830496&do=blog&quickforward=1&id=640600 Linux下BLAST+的本地化(NCBI-BLAST ...
如何下載NCBI blast數據庫? 有哪些可供下載的blast數據庫? blast如何使用? blast構建索引 | makeblastdb ...
。 以下內容介紹了在運行Windows 7操作系統的PC上安裝BLAST+和示例NCBI數據庫所需的 ...
常用的有兩個,一個是gjt(Giant Java Tree)組織提供的mysql驅動,其JDBC Driver名稱(Java類名)為:org.gjt.mm.mysql.Driver 詳情請參 ...
http://www.cnblogs.com/wanglei5205/p/8579244.html 常規參數 模型參數 學習任務參數 ...