原文:HTseq-count

HTSeq:一個用於處理高通量數據 High throughout sequencing 的python包。HTSeq包有很多功能類,熟悉python腳本的可以自行編寫數據處理腳本。另外,HTSeq也提供了兩個腳本文件能夠直接處理數據:htseq qa 檢測數據質量 和htseq count reads計數 。 用法:htseq count options lt alignment file gt ...

2017-07-15 09:13 0 1876 推薦指數:

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RNA-seq分析htseq-count的使用

HTSeq作為一款可以處理高通量數據的python包,由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人攜手推出HTSeq — A Python framework to work with high-throughput sequencing ...

Fri Jul 20 06:44:00 CST 2018 0 10994
RNA-Seq分析軟件HTSeq的安裝

1.本人剛開始安裝的時候,先下載相關的軟件包,然后安裝installtion中的方法安裝, 運行的時候老是報錯。根據錯誤提示安裝解決方法。也參考了其他的筆友的一些建議, 發現特別麻煩,后來無意中發現有小伙伴用bioconda來安裝,一個命令,簡單快捷。 2.bioconda安裝HTSeq ...

Sun Sep 10 03:24:00 CST 2017 0 1324
count(*)、count(1)和count(列名)的區別

count(*)、count(1)和count(列名)的區別 1、執行效果上: l count(*)包括了所有的列,相當於行數,在統計結果的時候,不會忽略列值為NULL l count(1)包括了忽略所有列,用1代表代碼行,在統計結果的時候,不會忽略列值為NULL l ...

Tue Nov 20 04:32:00 CST 2018 1 4940
count(*)、count(val)和count(1)的解釋

一、關於count的一些謠言: 1、count(*)比count(val)更慢!項目組必須用count(val),不准用count(*),誰用扣誰錢! 2、count(*)用不到索引,count(val)才能用到。 3、count(*)是統計出全表的記錄,是吞吐量 ...

Tue Nov 12 23:48:00 CST 2013 6 11213
count(*),count(1)和count(主鍵) 區別

看如下數據: 不考慮Null的情況:count(1)和count(主鍵) 這兩個只掃描主鍵Index就可以得到數據,count(*)是掃描表的。所以count(1)和count(主鍵)這兩個效率高。還有一種寫法是count(ROWID)這也是只掃描Index的,效率高。 這個問題 ...

Wed Jun 18 23:50:00 CST 2014 0 4132
Count(*), Count(1) 和Count(字段)的區別

1. count(1) and count(*) 當表的數據量大些時,對表作分析之后,使用count(1)還要比使用count(*)用時多了! 從執行計划來看,count(1)和count(*)的效果是一樣的。 但是在表做過分析之后, count(1)會比count ...

Thu Apr 20 02:14:00 CST 2017 0 8226
count(*)、count(1)、count(0)、count(列名)區別

1、count(*)、count(1):   count(*)對行的數目進行計算,包含NULL,count(1)這個用法和count(*)的結果是一樣的。   如果表沒有主鍵,那么count(1)比count(*)快。表有主鍵,count(*)會自動優化到主鍵列上。   如果表只有一個字 ...

Wed Jan 29 19:38:00 CST 2020 0 2870
count(1)、count(*)、count(字段)的區別

count(1)和count(*): 都為統計所有記錄數,包括null 執行效率上:當數據量1W+時count(*)用時較少,1w以內count(1)用時較少 count(字段): 統計字段列的行數,不包括null 若字段為主鍵則count(主鍵)效率最高,否則少量數據時使用count ...

Sun Jul 21 22:53:00 CST 2019 0 454
 
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