安裝 TopHat2 下載最新預編譯版本 解壓 加入 PATH 即可 測試 應該就看到各種信息,包括版本,基本用法等,這樣 tophat2 就算安裝完成了。 ...
概述:tophat是以bowtie 為核心的一款比對軟件。 tophat工作分兩步: .將reads用bowtie比對到參考基因組上。 .將unmapped reads打斷成更小的fragments,比對到參考基因組上,如果比對成功,建立剪切點。 用法:tophat options lt index base gt lt reads , ,readsN gt reads , readsN lt i ...
2017-07-01 22:31 0 2278 推薦指數:
安裝 TopHat2 下載最新預編譯版本 解壓 加入 PATH 即可 測試 應該就看到各種信息,包括版本,基本用法等,這樣 tophat2 就算安裝完成了。 ...
tophat輸出結果junction.bed BED format BED format provides a flexible way to define the data ...
Cole Trapnell said: there are three strategies:1) merge bams and assemble in a single run of Cuffl ...
使用Tophat+cufflinks分析差異表達 2017-06-15 19:09:43 522 0 0 使用TopHat+Cufflinks的流程圖 ...
未經本人授權禁止轉載。 1 安裝bowtie2 ubuntu上用bin裝ok,suse上編譯裝的,中間包依賴有問題,可用zypper安裝所需包 2 安裝tophat2 ubuntu上用bin裝ok,suse上執行的時候報找不到samtools,但是官網上手冊說tophat2不需要 ...
假設我們定義了一個變量為: file=/dir1/dir2/dir3/my.file.txt 我們可以用 ${ } 分別替換獲得不同的值: ${file#*/}:拿掉第一條 / 及其左邊的字串:dir ...
python中判斷變量是否為None三種寫法: 1、if x is None 2、if not x 3、if not x is None 理解成 if not (x is None ...