原文:tophat的用法

概述:tophat是以bowtie 為核心的一款比對軟件。 tophat工作分兩步: .將reads用bowtie比對到參考基因組上。 .將unmapped reads打斷成更小的fragments,比對到參考基因組上,如果比對成功,建立剪切點。 用法:tophat options lt index base gt lt reads , ,readsN gt reads , readsN lt i ...

2017-07-01 22:31 0 2278 推薦指數:

查看詳情

TopHat2 的安裝

安裝 TopHat2 下載最新預編譯版本 解壓 加入 PATH 即可 測試 應該就看到各種信息,包括版本,基本用法等,這樣 tophat2 就算安裝完成了。 ...

Thu Sep 24 18:17:00 CST 2015 0 2142
tophat輸出結果junction.bed

tophat輸出結果junction.bed BED format BED format provides a flexible way to define the data ...

Thu Oct 03 16:56:00 CST 2013 1 3140
使用bowtie2 tophat2 及 cufflinks 處理RNA-SEQ數據

未經本人授權禁止轉載。 1 安裝bowtie2 ubuntu上用bin裝ok,suse上編譯裝的,中間包依賴有問題,可用zypper安裝所需包 2 安裝tophat2 ubuntu上用bin裝ok,suse上執行的時候報找不到samtools,但是官網上手冊說tophat2不需要 ...

Tue Jan 19 22:36:00 CST 2016 0 2847
${ }的用法

假設我們定義了一個變量為: file=/dir1/dir2/dir3/my.file.txt 我們可以用 ${ } 分別替換獲得不同的值: ${file#*/}:拿掉第一條 / 及其左邊的字串:dir ...

Thu Aug 07 04:46:00 CST 2014 0 23943
用法

<a class="txt-impt" href=".do?from=exit&area=quan_pop" target="_blank">學習a</a><a ...

Sat Apr 07 20:47:00 CST 2012 1 9951
if not用法

python中判斷變量是否為None三種寫法:   1、if x is None   2、if not x   3、if not x is None 理解成 if not (x is None ...

Wed Mar 03 23:41:00 CST 2021 0 587
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM