原文:pheatmap, gplots heatmap.2和ggplot2 geom_tile實現數據聚類和熱圖plot

主要步驟 pheatmap 數據處理成矩陣形式,給行名列名 用pheatmap畫熱圖 pheatmap函數內部用hclustfun 進行聚類 ggplot 數據處理成矩陣形式,給行名列名 hclust聚類,改變矩陣行列順序為聚類后的順序 melt數據,處理成ggplot 能夠直接處理的數據結構,並加上列名 ggplot tile進行畫圖 gplots 數據處理成矩陣形式,給行名列名 調制顏色並用h ...

2017-06-21 19:49 0 11988 推薦指數:

查看詳情

ggplot2 geom相關設置—分布

分布在R中應該算是個比較重要的內容,而通過畫圖來展示數據的分布,可以更直觀的讓我們了解數據的分布情況 直方圖 geom_histogram(mapping = NULL, data = NULL, stat = "bin", position = "stack", ..., binwidth ...

Sun Jul 24 05:49:00 CST 2016 0 5090
初探ggplot2 geom__制作面積

大家大概都對如下信息並不陌生,該用100%堆積面積的方式來表現不同時期不同國家人數所占的比例。這是一種很有意思的表達方式,而面積也是很常用的數據圖表,現在讓我們一起來看看如何在R里用ggplot2plot.area來制作一個面積 ...

Thu Mar 12 03:48:00 CST 2015 0 2465
HeatMap)的原理和實現

先來看兩張: (1)10年世界杯決賽,冠軍西班牙隊中門將、后衛、中場及前鋒的跑位 通過熱,我們可以很清楚的看出四個球員在比賽中跑動位置的差異。 (2)歷史地震震源位置的 也可以很清楚的看出,哪個地方是地震的高發地區(頻率最高)。 HeatMap簡介 上面兩張就是 ...

Tue Sep 05 22:27:00 CST 2017 1 24595
HeatMap)的原理和實現

HeatMap)的原理和實現 先來看兩張: (1)10年世界杯決賽,冠軍西班牙隊中門將、后衛、中場及前鋒的跑位 通過熱,我們可以很清楚的看出四個球員在比賽中跑動位置的差異。 (2)歷史地震震源位置的 也可以很清楚的看出,哪個地方是地震的高發地區(頻率最高 ...

Tue Dec 08 04:17:00 CST 2020 0 526
ggplot2: geom_ribbon顏色填充

1 數據 2 填充方法 2.1 原始版本 問題在於顏色填充中有未被填充的區域,下面進行改進 2.2 改進版本一 2.3 改進版本二 查看方法原地址 ...

Mon Sep 03 23:45:00 CST 2018 0 1400
heatmap.2

heatmap.2 {gplots} R Documentation Enhanced Heat Map Description A heat map is a false color image (basically image(t(x ...

Wed May 14 21:58:00 CST 2014 0 4069
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM