http://homer.salk.edu/homer/ 【怪毛匠子-整理】 使用HOMER分析CLIP-SEQ數據 24 5 2月 2013 | 程序員 Tags: 生物信息學 · 軟件 HOMER是一個使用perl和C寫成的motif分析工具。之前在分析clip-seq分析時 ...
.下載相關程序: 網址:http: homer.ucsd.edu homer download.html 下載其中名為configureHomer.pl的文件。 .新建文件夾:homer mkdir homer .將剛下載的pl文件移至Homer文件夾中: mv configureHomer.pl homer .開始安裝Homer軟件: Perl home lmt desktop homer c ...
2017-06-13 15:03 0 2712 推薦指數:
http://homer.salk.edu/homer/ 【怪毛匠子-整理】 使用HOMER分析CLIP-SEQ數據 24 5 2月 2013 | 程序員 Tags: 生物信息學 · 軟件 HOMER是一個使用perl和C寫成的motif分析工具。之前在分析clip-seq分析時 ...
轉錄因子motif是一些很短的模序(~10bp),在大基因組里很容易出現隨機比對,而且是以position weight matrix (PWM)格式來呈現,說明它的可變性,因此研究motif有哪些binding區域是沒有意義的,因為很難找到一個方法(閾值)來判斷真正的比對和隨機的比對 ...
主流的motif數據庫 JASPAR dbcorrdb - SCENIC使用的 TRANSFAC® 7.0 Public 2005 and TRANSCompel 7.0 Public 2005 - 現在最新版要收費了 motif格式問題 我關注的這個motif ...
類似篇:轉錄因子motif TSS區域富集分析 | motif enrichment | HOMER | FIMO | MEME 一個新的領域,現在我關注的是可變剪切調控因子,如PTBP1,它們有特定的RNA結合motif,類似TF。 相同點: 都是蛋白質的序列結合區域 ...
citup軟件 https://github.com/amcpherson/citup 安裝需要conda環境 首先要將citup的安裝包路徑放到conda的默認channel里 然后安裝cplex依賴,直接安裝的話也比較麻煩,因為cplex也有很多依賴,所以我們也把ceplx ...
最近在學習軟件分析相關知識的過程中,很多老師都推薦了Soot這個代碼分析工具,所以我就去學習了一下soot的基本用法。soot項目在github上的地址為:https://github.com/Sable/soot 1.Soot簡介 soot是java優化框架,提供4種中間代碼來分析和轉換 ...
1.本人剛開始安裝的時候,先下載相關的軟件包,然后安裝installtion中的方法安裝, 運行的時候老是報錯。根據錯誤提示安裝解決方法。也參考了其他的筆友的一些建議, 發現特別麻煩,后來無意中發現有小伙伴用bioconda來安裝,一個命令,簡單快捷。 2.bioconda安裝HTSeq ...
Network Motif 文獻調研 概述:Network motifs,可以認為是網絡中頻繁出現的子圖模式,是復雜網絡的"構建塊"。有兩篇發表在science上的論文給出motif比較權威的解釋:① MILO, Ron, et al將motifs描述為:recurring ...