原文:文件格式——Sam&bam文件

Sam amp bam文件 SAM是一種序列比對格式標准, 由sanger制定,是以TAB為分割符的文本格式。主要應用於測序序列mapping到基因組上的結果表示,當然也可以表示任意的多重比對結果。當測序得到的fastq文件map到基因組之后,我們通常會得到一個sam或者bam為擴展名的文件。SAM的全稱是sequence alignment map format。而BAM就是SAM的二進制文件 ...

2017-05-03 11:38 0 12667 推薦指數:

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bam/sam 文件格式詳解

sam/bam 是一種序列比對格式標准,由sanger制定,是以TAB為分割符的文本格式。主要應用於測序序列mapping到基因組上的結果表示,當然也可以表示任意的多重比對結果。通常是把FASTQ文件格式的測序數據比對到對應的參考基因組版本得到的。 header 部分 sam 分為兩部分,注釋 ...

Tue Jun 01 01:27:00 CST 2021 0 1389
SAM/BAM文件處理

當測序得到的fastq文件map到基因組之后,我們通常會得到一個sam或者bam為擴展名的文件SAM的全稱是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二進制文件(B取自binary)。 那么SAM文件格式是什么樣子的呢?如果你想真實地了解SAM文件 ...

Mon Dec 12 03:46:00 CST 2016 0 5502
SAMTOOLS使用 SAM BAM文件處理

【怪毛匠子 整理】 samtools學習及使用范例,以及官方文檔詳解 #第一步:把sam文件轉換成bam文件,我們得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM ...

Thu Dec 27 17:35:00 CST 2018 0 6697
bam/sam格式說明

SAM輸出的結果中每一行都包括十二項通過Tab分隔(\t),從左到右分別是: 1 QNAME,序列的名字(Read的名字) 2 FLAG, 概括出一個合適的標記,各個數字分別代表 1 序列是一對序列中的一個 2 比對結果是一個pair-end比對的末端 ...

Fri Apr 08 17:24:00 CST 2016 0 6291
bam文件格式說明

bam文件說明 bam文件sam文件內容其實是一樣的,只是bam是二進制的壓縮文件,需要通過特定的軟件來進行查看,bam文件通常可以理解為12個字段組成 BAM格式分為header section(頭部分,注釋信息,以@開頭,可有可無)和alignment section(比對 ...

Fri May 24 21:55:00 CST 2019 0 2387
文件格式】解讀sam格式文件

1,SAM文件格式介紹 SAM(The Sequence Alignment / Map format)格式,即序列比對文件格式,詳細介紹文檔:http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf SAM文件由兩部分組成,頭部區和主體區,都以tab分列 ...

Wed Dec 25 00:34:00 CST 2019 0 1129
生信文件格式-SAM文件

SAM文件格式 SAM(The Sequence Alignment / Map format)格式,即序列比對文件格式,詳細介紹文檔 以下內容參考2019年1月SAM文件說明文檔,具體細節請關注最新文檔說明 SAM文件由兩部分組成:頭部信息和比對信息,都是以tab鍵分隔 ...

Tue Jun 23 00:07:00 CST 2020 0 1526
Windows主機SAM文件格式破解解密

文件格式如是下圖這種格式: 那么就可以通過通過kali終端samdump2 + system + sam 生成出來通過hashcat -m 1000去跑,或者通過md5查詢 ...

Thu Nov 28 22:38:00 CST 2019 0 318
 
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