bam/sam格式說明
在SAM輸出的結果中每一行都包括十二項通過Tab分隔（\t），從左到右分別是： 1 QNAME,序列的名字（Read的名字） 2 FLAG, 概括出一個合適的標記，各個數字分別代表 1 序列是一對序列中的一個 2 比對結果是一個pair-end比對的末端 ...
原文：[samtools] sam格式與bam格式互換，提取未匹配reads，轉為fastq
Converting a SAM file to a BAM file First, if you use the Unix command head test.sam The first lines on your terminal after typing head test.sam , should be lines starting with an sign, which is an in ...
2017-02-21 16:12 0 5145 推薦指數：
相關推薦
bam/sam 文件格式詳解
sam/bam 是一種序列比對格式標准，由sanger制定，是以TAB為分割符的文本格式。主要應用於測序序列mapping到基因組上的結果表示，當然也可以表示任意的多重比對結果。通常是把FASTQ文件格式的測序數據比對到對應的參考基因組版本得到的。 header 部分 sam 分為兩部分，注釋 ...
5、bam格式轉為bigwig格式
1、Bam2bigwig（工具） https://www.researchgate.net/publication/301292288_Bam2bigwig_a_tool_to_convert_bam ...
文件格式——Sam&bam文件
Sam&bam文件 SAM是一種序列比對格式標准， 由sanger制定，是以TAB為分割符的文本格式。主要應用於測序序列mapping到基因組上的結果表示，當然也可以表示任意的多重比對結果。當測序得到的fastq文件map到基因組之后，我們通常會得到一個sam或者bam為擴展名的文件 ...
SAMTOOLS使用 SAM BAM文件處理
【怪毛匠子 整理】 samtools學習及使用范例,以及官方文檔詳解 #第一步：把sam文件轉換成bam文件,我們得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步：sort 一下 BAM ...
SAM格式 及 比對工具之 samtools 使用方法
參考資料: SAMtools（官網） SAM Spec v1.4 （SAM格式 說明書） （重要） samtools-1.3.1 使用手冊 （SAMtools軟件說明書） samtools常用命令詳解(博客園) SAM格式定義（博耘生物） samtools使用方法 ...
FASTQ格式
FASQT格式是用於存儲生物序列（通常是核苷酸序列）及其相應的鹼基質量分數的一種文本格式。為簡潔起見，序列字母和質量分數均使用單個ASCII字符進行編碼。最初由Wellcome Trust Sanger Institute（桑格研究所）開發用於捆綁FASTA格式的序列和其鹼基 ...
SAM格式
SAM是一種序列比對格式標准， 由sanger制定，是以TAB為分割符的文本格式。主要應用於測序序列mapping到基因組上的結果表示，當然也可以表示任意的多重比對結果。 不同的軟件，不同的時期，不同的研究方向，都會創建一種或者多種格式標准，當然根據當時的需要，創建符合需求的標准，也是最容易 ...