原文:PacBio下機數據解讀

今天被人問起如何看懂三代的下機數據,雖然解決了別人的問題,但感覺自己還是沒有搞透。 基本的目錄結構: 解壓后的目錄結構: 可以看到數據是以HDF 的格式存儲的,格式介紹:PacBio Sequences的HDF 格式 那么,上面目錄和文件名都有哪些含義呢 仔細的看說明文檔就會知道 Introduction These directories contain data from PacBio seq ...

2016-11-28 11:17 0 2402 推薦指數:

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3、PACBIO下機數據如何看

轉載:http://www.cnblogs.com/jinhh/p/8328818.html 三代測序的下機數據都有哪些,以及他們具體的格式是怎么樣的(以sequel 平台為主)。 測序過程 SMRTbell A adapter通用接頭,兩端的接頭可以一樣也可以不一樣 B ...

Sun May 20 02:05:00 CST 2018 0 1523
PacBio下機數據如何看?

一開始拿到三代測序的下機數據時,蒙了,readme ?三代測序的下機數據都有哪些,以及他們具體的格式是怎么樣的(以sequel 平台為主)。 測序過程 SMRTbell A adapter通用接頭,兩端的接頭可以一樣也可以不一樣 B barcode(客戶自己設計) I ...

Mon Jan 22 22:21:00 CST 2018 0 3389
Pacbio下機數據格式說明

RS II Sequel 在下機文件中,主要有三類文件,bam 文件,bam.pbi 文件,以及xml文件。當我們習慣性的去尋找熟悉的fastq格式文件做分析時,發現找不到了,因為在sequel平台中bam 文件成為了它的替代者,因為其更節約儲存空間。這是文件格式的一個重大更新。用於后續分析 ...

Fri Oct 18 18:06:00 CST 2019 0 363
pacbio 原始下機數據h5 文件簡介

pacbio 采用hdf5文件格式保存原始的下機數據,對於RS 測序系統而言,會產生一個 bas.h5 的文件; 以bas.h5 文件為例,看一下有下機數據中保存了那些信息 h5dump 工具可以用來查看h5 文件的內容: 我從HGAP的wiki 頁面下載了一個測試用的h5文件,文件名 ...

Fri May 26 23:49:00 CST 2017 0 1392
互聯網金融時代下機器學習與大數據風控系統

那么,什么是機器學習呢?機器學習這個詞是英文名稱Meaching Learning的直譯,從字面意義不難知道,這門技術是讓計算機具有“自主學習”的能力,因此她是人工智能的一個分支。我個人還是比較喜歡T ...

Fri Apr 14 02:07:00 CST 2017 0 1742
SSD源碼解讀——數據讀取

之前,對SSD的論文進行了解讀,可以回顧之前的博客:https://www.cnblogs.com/dengshunge/p/11665929.html。 為了加深對SSD的理解,因此對SSD的源碼進行了復現,主要參考的github項目是ssd.pytorch。同時,我自己對該項目增加了大量注釋 ...

Wed Nov 27 03:15:00 CST 2019 0 782
【源碼解讀】cycleGAN(三):數據讀取

源碼地址:https://github.com/aitorzip/PyTorch-CycleGAN 數據的讀取是比較簡單的,cycleGAN對數據沒有pair的需求,不同域的兩個數據集分別存放於A,B兩個文件夾,寫好dataset接口即可 上面的代碼中,首先定義好buffer ...

Thu Nov 21 02:57:00 CST 2019 0 431
Mnist數據集解讀

Mnist數據集簡介 MNIST是一個手寫體數字的圖片數據集,該數據集來由美國國家標准與技術研究所(National Institute of Standards and Technology (NIST))發起整理,一共統計了來自250個不同的人手寫數字圖片,其中50%是高中生,50%來自 ...

Mon Jun 01 06:58:00 CST 2020 0 6702
 
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