原文:ConsensusClusterPlus根據基因表達量對樣品進行分類

http: www.ncbi.nlm.nih.gov pmc articles PMC 一致聚類方法,采用重抽樣方法來驗證聚類合理性。 library ALL data ALL d exprs ALL d : , : 對上面這個芯片表達數據我們一般會簡單的進行normalization 本次采用中位數中心化 ,然后取在各個樣品差異很大的那些gene或者探針的數據來進行聚類分析 mads appl ...

2016-09-12 15:14 2 4068 推薦指數:

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基因表達

做RNA-seq的數據分析,一直弄不清楚實驗過程,最近有時間就找一些資料來了解一下,同時將整理的資料記錄下來,方便以后查找。 來源資料:【3D演示】基因表達(原版+字幕版) 人體從食物中獲取營養的過程也就是化學消化過程,是通過酶對食物進行分解來得到營養物質。DNA用來制造酶和各種蛋白質。DNA ...

Wed Jun 24 00:11:00 CST 2020 0 1411
實戰--利用HierarchicalClustering 進行基因表達聚類分析

利用建立分級樹對酵母基因表達數據進行聚類分析 一、原理 根據基因表達數據,得出距離矩陣   ↓ 最初,每個點都是一個集合 每次選取距離最小的兩個集合,將他們合並,然后更新這個新集合與其它點的距離 新集合與別的集合距離的計算方法 ①兩個集合之間的最短 ...

Sun Nov 18 22:16:00 CST 2018 0 1254
用R和BioConductor進行基因芯片數據分析(六):差異表達基因

接前一篇: 用R和BioConductor進行基因芯片數據分析(五):芯片間歸一化 經過一系列的預處理,包括缺失值填充,中位數計算以及歸一化,我們的數據終於可以用啦。 下面我們就來分析一下new population和old population的個體是否有差異表達基因。 判斷一個基因是否 ...

Thu Dec 06 01:25:00 CST 2012 0 7165
Augustus 進行基因注釋

目前的從頭預測軟件大多是基於HMM(隱馬爾科夫鏈)和貝葉斯理論,通過已有物種的注釋信息對軟件進行訓練,從訓練結果中去推斷一段基因序列中可能的結構,在這方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以僅使用序列信息進行預測,也可以整合EST, cDNA, RNA-seq數據作為先驗模型進行預測 ...

Tue Apr 07 17:04:00 CST 2020 0 964
Augustus 進行基因注釋

目前的從頭預測軟件大多是基於HMM(隱馬爾科夫鏈)和貝葉斯理論,通過已有物種的注釋信息對軟件進行訓練,從訓練結果中去推斷一段基因序列中可能的結構,在這方面做的最好的工具是 AUGUSTUS它可以僅使用序列信息進行預測,也可以整合EST, cDNA, RNA-seq ...

Tue Feb 25 16:48:00 CST 2020 1 2544
基於PASA進行基因預測

PASA, acronym for Program to Assemble Spliced Alignments, is a eukaryotic genome annotation tool tha ...

Tue Mar 10 23:39:00 CST 2020 0 2124
 
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