BWA算法簡介: BWA-bactrack BWA-SW BWA-MEM BWA安裝: BWA使用步驟: 使用BWA構建參考基因組的index數據庫 BWA-MEM比對(BWA-SW 和 BWA-backtrack用的少) 具體命令 ...
參考資料: SAMtools 官網 SAM Spec v . SAM格式 說明書 重要 samtools . . 使用手冊 SAMtools軟件說明書 samtools常用命令詳解 博客園 SAM格式定義 博耘生物 samtools使用方法 plob 這個學習急不來,而且比對非常重要,先把上面的官方SAM BAM格式說明文件看透 Sequence Alignment Map Format Spec ...
2016-06-21 13:47 0 6887 推薦指數:
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一、bwa比對軟件的使用 1、對參考基因組構建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 參數:is[默認] or bwtsw,即bwa構建索引的兩種算法,兩種算法都是基於BWT的(BWT search while the CIGAR string ...
【怪毛匠子 整理】 samtools學習及使用范例,以及官方文檔詳解 #第一步:把sam文件轉換成bam文件,我們得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM ...
建索引 普通比對 二次比對 用於cufflinks和stringtie的比對 待續~ 參考:比對軟件STAR的簡單使用 ...
Converting a SAM file to a BAM file First, if you use the Unix command head test.sam The first 10 lines on your terminal after typing "head ...
SAM是一種序列比對格式標准, 由sanger制定,是以TAB為分割符的文本格式。主要應用於測序序列mapping到基因組上的結果表示,當然也可以表示任意的多重比對結果。 不同的軟件,不同的時期,不同的研究方向,都會創建一種或者多種格式標准,當然根據當時的需要,創建符合需求的標准,也是最容易 ...
個人博客:點擊這里進入 常用命令:(c代表Controller, e代表Enclosure,s代表Slot或PD,v代表ld) /opt/MegaRAID/storcli/storcli64 -v ...
本文將介紹dbgen多線程的使用方法: dbgen是用來生成TPCH 所需要的數據來使用的 TPCH :針對於數據庫查詢性能的壓測方法 #:首先使用dbgen來生成數據 這里數據量業界有一個統稱叫做SF 1SF == 1G [root@localhost dbgen ...