bwa的使用需要兩中輸入文件: Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna) Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根據reference genome ...
BWA算法簡介: BWA bactrack BWA SW BWA MEM BWA安裝: BWA使用步驟: 使用BWA構建參考基因組的index數據庫 BWA MEM比對 BWA SW 和 BWA backtrack用的少 具體命令: 核心命令及其參數 注意:我們暫時還沒有使用到對比對結果有影響的參數,目前所有的參數都是固定的。 參考資料: BWA官方網站 NGS生物信息分析 V . Manual ...
2016-06-20 18:59 0 14164 推薦指數:
bwa的使用需要兩中輸入文件: Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna) Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根據reference genome ...
參考資料: SAMtools(官網) SAM Spec v1.4 (SAM格式 說明書) (重要) samtools-1.3.1 使用手冊 (SAMtools軟件說明書) samtools常用命令詳解(博客園) SAM格式定義(博耘生物) samtools使用方法 ...
一、使用GATK前須知事項: (1)對GATK的測試主要使用的是人類全基因組和外顯子組的測序數據,而且全部是基於illumina數據格式,目前還沒有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者實驗設計(RNA-Seq)的分析方法。 (2)GATK是一個應用於前沿科學研究的軟件,不斷在更新 ...
名稱 bwa – Burrows-Wheeler Alignment Tool 內容 摘要 描述 命令行與選項 SAM 比對格式 短序列 ...
建索引 普通比對 二次比對 用於cufflinks和stringtie的比對 待續~ 參考:比對軟件STAR的簡單使用 ...
一、bwa比對軟件的使用 1、對參考基因組構建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 參數:is[默認] or bwtsw,即bwa構建索引的兩種算法,兩種算法都是基於BWT的(BWT search while the CIGAR string ...
個人博客:點擊這里進入 常用命令:(c代表Controller, e代表Enclosure,s代表Slot或PD,v代表ld) /opt/MegaRAID/storcli/storcli64 -v ...
本文將介紹dbgen多線程的使用方法: dbgen是用來生成TPCH 所需要的數據來使用的 TPCH :針對於數據庫查詢性能的壓測方法 #:首先使用dbgen來生成數據 這里數據量業界有一個統稱叫做SF 1SF == 1G [root@localhost dbgen ...