原文:項目一:使用二代測序數據進行基因組組裝(局部組裝)

項目數據: kongyu PCRfree .CCAAT L R .fastq.gz X G kongyu PCRfree .CCAAT L R .fastq.gz X G Y PCRfree .TCCGC L R .fastq.gz X . G Y PCRfree .TCCGC L R .fastq.gz X . G all.chrs.con.fasta M 日本晴 public genome r ...

2016-06-20 18:39 0 3472 推薦指數:

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測序及基於三代數據基因組組裝流程評估

測序及基於三代數據基因組組裝流程評估 2018-04-04 12:13 名詞解釋 1D:ONT平台僅測一個DNA分子的一條鏈,測序通量比2D高但准確率低於2D序列。 2D:bi-directional reads即ONT平台測DNA分子的正負兩鏈 ...

Tue May 14 23:46:00 CST 2019 0 1286
二代數據組裝葉綠體基因組

與核基因組相比,細胞器基因組相對來說,更為保守,並且序列較短,更加易於組裝,僅僅根據二代測序reads即可進行組裝。 下面簡單介紹我在本項目中的方法,僅供參考。 1 數據 本次我使用二代數據為50X。下機后,首先通過fastq對其進行過濾,改軟件操作較為簡單,僅僅使用-q 20 ...

Mon Jan 25 21:09:00 CST 2021 0 540
基因組組裝算法

序列組裝算法研究(CNKI) 對基因組組裝算法的分析和研究(CNKI) 基於De Bruij ...

Thu Jun 16 18:38:00 CST 2016 0 16483
基因組組裝流程

1. 前期准備 背景信息: GC含量 和 GC分布 基因組重復程度 基因組大小估計 雜合情況 最好的情況是對方能提供已經發表的近源物種。根據近源物種分析以上信息,尤其是GC含量以及對應的GC分布,重復程度。 2. 測序策略 根據基因組大小和具體情況選擇個大概的k值 ...

Sun Jun 12 23:05:00 CST 2016 0 16098
「三組裝使用Pilon對基因組進行polish

對初步組裝進行polish 以FASTA和BAM文件作為輸入,根據比對結果對輸入的參考基因組進行提高,包括 單鹼基差異 小的插入缺失(indels) 較大的插入缺失或者block替換 填充參考序列中的N 找到局部的錯誤組裝 最后輸出polish后的FASTA ...

Mon Sep 23 19:43:00 CST 2019 0 556
基因組組裝項目的十二步建議

目錄 1. 建立項目團體 2. 收集目標基因組信息 3. 設計最佳實驗流程 4. 選擇最佳測序平台和准備文庫 5. 選擇最佳DNA來源和提取方法 6. 檢查計算資源與要求 7. 選擇最佳計算設計和流程 8. 基因組組裝 9. 在注釋前檢查組裝 ...

Tue Feb 02 06:35:00 CST 2021 0 549
經典:基因組測序數據從頭拼接或組裝算法的原理

基因組測序數據的拼接/組裝 (圖片來源:google) 每一個物種的參考基因組序列(reference genome)的產生都要先通過測序的方法,獲得基因組測序讀段(reads),然后再進行從頭拼接或組裝(英文名稱為do novo ...

Fri Sep 27 18:30:00 CST 2019 0 515
 
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