三代測序及基於三代數據的基因組組裝流程評估 2018-04-04 12:13 名詞解釋 1D:ONT平台僅測一個DNA分子的一條鏈,測序通量比2D高但准確率低於2D序列。 2D:bi-directional reads即ONT平台測DNA分子的正負兩鏈 ...
項目數據: kongyu PCRfree .CCAAT L R .fastq.gz X G kongyu PCRfree .CCAAT L R .fastq.gz X G Y PCRfree .TCCGC L R .fastq.gz X . G Y PCRfree .TCCGC L R .fastq.gz X . G all.chrs.con.fasta M 日本晴 public genome r ...
2016-06-20 18:39 0 3472 推薦指數:
三代測序及基於三代數據的基因組組裝流程評估 2018-04-04 12:13 名詞解釋 1D:ONT平台僅測一個DNA分子的一條鏈,測序通量比2D高但准確率低於2D序列。 2D:bi-directional reads即ONT平台測DNA分子的正負兩鏈 ...
與核基因組相比,細胞器基因組相對來說,更為保守,並且序列較短,更加易於組裝,僅僅根據二代測序reads即可進行組裝。 下面簡單介紹我在本項目中的方法,僅供參考。 1 數據 本次我使用的二代數據為50X。下機后,首先通過fastq對其進行過濾,改軟件操作較為簡單,僅僅使用-q 20 ...
序列組裝算法研究(CNKI) 對基因組組裝算法的分析和研究(CNKI) 基於De Bruij ...
1. 前期准備 背景信息: GC含量 和 GC分布 基因組重復程度 基因組大小估計 雜合情況 最好的情況是對方能提供已經發表的近源物種。根據近源物種分析以上信息,尤其是GC含量以及對應的GC分布,重復程度。 2. 測序策略 根據基因組大小和具體情況選擇個大概的k值 ...
對初步組裝進行polish 以FASTA和BAM文件作為輸入,根據比對結果對輸入的參考基因組進行提高,包括 單鹼基差異 小的插入缺失(indels) 較大的插入缺失或者block替換 填充參考序列中的N 找到局部的錯誤組裝 最后輸出polish后的FASTA ...
目錄 1. 建立項目團體 2. 收集目標基因組信息 3. 設計最佳實驗流程 4. 選擇最佳測序平台和准備文庫 5. 選擇最佳DNA來源和提取方法 6. 檢查計算資源與要求 7. 選擇最佳計算設計和流程 8. 基因組組裝 9. 在注釋前檢查組裝 ...
速度快, 運行內容:一步組裝,兩輪糾錯 “--edge-min”值對基因大小影響特別大,在基因組復雜度低和測序深 ...
基因組測序數據的拼接/組裝 (圖片來源:google) 每一個物種的參考基因組序列(reference genome)的產生都要先通過測序的方法,獲得基因組的測序讀段(reads),然后再進行從頭拼接或組裝(英文名稱為do novo ...