bam/sam 文件格式詳解
sam/bam 是一種序列比對格式標准，由sanger制定，是以TAB為分割符的文本格式。主要應用於測序序列mapping到基因組上的結果表示，當然也可以表示任意的多重比對結果。通常是把FASTQ文件格式的測序數據比對到對應的參考基因組版本得到的。 header 部分 sam 分為兩部分，注釋 ...
原文：bam/sam格式說明
在SAM輸出的結果中每一行都包括十二項通過Tab分隔 t ，從左到右分別是： QNAME,序列的名字 Read的名字 FLAG, 概括出一個合適的標記，各個數字分別代表 序列是一對序列中的一個 比對結果是一個pair end比對的末端 沒有找到位點 這個序列是pair中的一個但是沒有找到位點 在這個比對上的位點，序列與參考序列反向互補 這個序列在pair end中的的mate序列與參考序列反響互補 ...
2016-04-08 09:24 0 6291 推薦指數：
相關推薦
文件格式——Sam&bam文件
Sam&bam文件 SAM是一種序列比對格式標准， 由sanger制定，是以TAB為分割符的文本格式。主要應用於測序序列mapping到基因組上的結果表示，當然也可以表示任意的多重比對結果。當測序得到的fastq文件map到基因組之后，我們通常會得到一個sam或者bam為擴展名的文件 ...
bam文件格式說明
bam文件說明 bam文件和sam文件內容其實是一樣的，只是bam是二進制的壓縮文件，需要通過特定的軟件來進行查看，bam文件通常可以理解為12個字段組成 BAM格式分為header section（頭部分，注釋信息，以@開頭，可有可無）和alignment section（比對 ...
SAM/BAM文件處理
當測序得到的fastq文件map到基因組之后，我們通常會得到一個sam或者bam為擴展名的文件。SAM的全稱是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二進制文件(B取自binary)。 那么SAM文件的格式是什么樣子的呢？如果你想真實地了解SAM文件 ...
sam格式詳細說明
原文鏈接 https://www.jianshu.com/p/386f520e5de1 The SAM Format Specification(sam格式說明) 1 The SAM Format Specification sam是一種序列比對后的輸出格式，以tab ...
[samtools] sam格式與bam格式互換，提取未匹配reads，轉為fastq
Converting a SAM file to a BAM file First, if you use the Unix command head test.sam The first 10 lines on your terminal after typing "head ...
pysam - 多種格式基因組數據（sam/bam/vcf/bcf/cram/…）讀寫與處理模塊（python）
在開發基因組相關流程或工具時，經常需要讀取、處理和創建bam、vcf、bcf文件。目前已經有一些主流的處理此類格式文件的工具，如samtools、picard、vcftools、bcftools，但此類工具集成的大多是標准功能，在編程時如果直接調用的話往往顯得不夠靈活。 本文介紹的是一個處理 ...
SAMTOOLS使用 SAM BAM文件處理
【怪毛匠子 整理】 samtools學習及使用范例,以及官方文檔詳解 #第一步：把sam文件轉換成bam文件,我們得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步：sort 一下 BAM ...