原文:tophat cufflinks cuffcompare cuffmerge 的使用

Cole Trapnellsaid: there are three strategies: merge bams and assemble in a single run of Cufflinks assemble each bam and cuffcompare them to get a combined.gtf assemble each bam and cuffmerge them to ...

2015-12-23 20:46 0 1924 推薦指數:

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使用bowtie2 tophat2 及 cufflinks 處理RNA-SEQ數據

未經本人授權禁止轉載。 1 安裝bowtie2 ubuntu上用bin裝ok,suse上編譯裝的,中間包依賴有問題,可用zypper安裝所需包 2 安裝tophat2 ubuntu上用bin裝ok,suse上執行的時候報找不到samtools,但是官網上手冊說tophat2不需要 ...

Tue Jan 19 22:36:00 CST 2016 0 2847
tophat的用法

概述:tophat是以bowtie2為核心的一款比對軟件。 tophat工作分兩步: 1.將reads用bowtie比對到參考基因組上。 2.將unmapped-reads打斷成更小的fragments,比對到參考基因組上,如果比對成功,建立剪切點。 用法:tophat ...

Sun Jul 02 06:31:00 CST 2017 0 2278
【Python學習】cufflinks模塊

學過Python數據分析的朋友都知道,在可視化的工具中,有很多優秀的三方庫,比如matplotlib,seaborn,plotly,Boken,pyecharts等等。這些可視化庫都有自己的特點,在實際應用中也廣為大家使用。 plotly、Boken等都是交互式 ...

Tue Jan 11 06:59:00 CST 2022 0 718
TopHat2 的安裝

安裝 TopHat2 下載最新預編譯版本 解壓 加入 PATH 即可 測試 應該就看到各種信息,包括版本,基本用法等,這樣 tophat2 就算安裝完成了。 ...

Thu Sep 24 18:17:00 CST 2015 0 2142
tophat輸出結果junction.bed

tophat輸出結果junction.bed BED format BED format provides a flexible way to define the data ...

Thu Oct 03 16:56:00 CST 2013 1 3140
轉錄組的組裝Stingtie和Cufflinks

轉錄組的組裝Stingtie和Cufflinks Posted: 十月 18, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 首先這兩款軟件都是用於基於參考基因組的轉錄組組裝,當然也可用於轉錄本的定量。前者於2016年 ...

Sat Nov 10 05:13:00 CST 2018 0 1137
炫酷的可視化工具包——cufflinks

前言 學過Python數據分析的朋友都知道,在可視化的工具中,有很多優秀的三方庫,比如matplotlib,seaborn,plotly,Boken,pyecharts等等。這些可視化庫都有自己的特點,在實際應用中也廣為大家使用。 plotly、Boken等都是交互式的可視化工具,結合 ...

Mon Jul 22 23:38:00 CST 2019 0 3348
 
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