原文:[LeetCode] 187. Repeated DNA Sequences 求重復的DNA序列

All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: ACGAATTCCG . When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Write ...

2015-02-10 16:11 15 14020 推薦指數:

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利用python一段DNA序列的互補序列

代碼如下: 這是將從一個txt文件中導入序列,然后將互補后的結果輸出到另外一個文件中。 如果一個段序列不長,直接中python交互式界面完成感覺更方便 先定義的一個字典: complement = {'C': 'G', 'G': 'C', 'T ...

Wed Jan 11 20:42:00 CST 2017 0 2648
DNA序列對齊問題

一、問題描述 該問題在算法導論中引申自求解兩個DNA序列相似度的問題。 可以從很多角度定義兩個DNA序列的相似度,其中有一種定義方法就是通過序列對齊的方式來定義其相似度。 給定兩個DNA序列A和B,對齊的方式是將空格分別插入到A和B序列中,得到具有相同長度的對齊后的序列C和D;空格可以插入 ...

Mon Nov 13 04:45:00 CST 2017 2 2262
DNA序列組裝(貪婪算法)

生物信息學原理作業第四彈:DNA序列組裝(貪婪算法) 原理:生物信息學(孫嘯) 大致思想:       1. 找到權值最大的邊;       2. 除去以最大權值邊的起始頂點為起始頂點的邊;       3. 除去以最大權值邊為終點為終點的邊;       4. 重復上述步驟,得到所有 ...

Tue Dec 05 05:33:00 CST 2017 4 1428
DNA序列局部比對(Smith–Waterman algorithm)

生物信息原理作業第三彈:DNA序列局部比對,利用Smith–Waterman算法,python3.6代碼實現。 實例以及原理均來自https://en.wikipedia.org/wiki/Smith%E2%80%93Waterman_algorithm。 DNA序列局部比對 轉載請保留 ...

Fri Dec 01 02:15:00 CST 2017 2 3366
選用DNA rm 還是DNA sm

本文轉載自嘉因微信公眾號,已獲得授權。查看最新文章,敬請關注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小哈 來源:嘉因 大家都會做方便面,有人做辛拉面,有人做三鮮伊面,工藝有何不同? ...

Fri Aug 09 16:37:00 CST 2019 0 416
利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局比對

生物信息學原理作業第二彈:利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局比對。 具體原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局 ...

Mon Nov 27 21:32:00 CST 2017 1 4261
 
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