原文:基因探針富集分析(GSEA)& GO & pathway

http: blog.sina.com.cn s blog c f utyx.html GO是Gene Ontology的簡稱,是生物學家為了衡量基因的功能而而發起的一個項目,從分子功能 molecular function 生物學過程 biological process 和細胞定位 cellular component 三個面對基因功能進行全面定義。 基因本體論,用於蛋白的功能分類 Gene ...

2014-08-06 17:18 0 4301 推薦指數:

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GSEA-基因富集分析

1.為什么寫? 網上教程一抓一大把,有的能重復,有的不能重復不了,很多原因。別人能做的不代表你能復制,實踐出真知。 不做搬運工,只寫有用的,防止以后忘記。每個人理解不同,記錄下來,供自己今后參考,順便分享他人。 2.GSEA基本概念 Gene Set Enrichment ...

Thu Aug 30 01:40:00 CST 2018 0 19018
基因或蛋白富集分析gsea與ssgsea

大家應該對通路富集分析都很熟悉,如DAVID、超幾何富集分析等。都是在大量文章中常見的通路富集方法,給大家介紹一個更加復雜的通路富集分析的前期數據處理包GSVA(gene set variation analysis)與gsea選擇。GSVA是一種非參數的無監督分析方法,主要用來評估芯片核轉錄組 ...

Sun Jul 05 20:40:00 CST 2020 0 4712
GSEA富集分析 - 界面操作》

生信寶典之前總結了一篇關於GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》,介紹了GSEA的定義、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等,不太了解的朋友可以點擊閱讀先理解下概念 (下面摘錄一部分)。 GSEA案例解析介紹GSEA分析之前,我們先看一篇Cell文章 ...

Fri Sep 17 06:38:00 CST 2021 0 168
Pathway富集分析氣泡圖

data.tsv > pathway = read.table("data.tsv",header = T, sep="\t") > library(ggplot2) > p = ggplot(pathway,aes(Pvalue,Pathway)) > ...

Tue Sep 19 00:07:00 CST 2017 0 5458
 
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